抗菌藥物耐藥已成為棘手的全球性健康問題。近年來，基于宏基因組下一代測序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）的病原體檢測技術，因其不受培養限制、時效性高、病原體覆蓋廣的特點，已廣泛應用于臨床診斷。該技術在藥物敏感性檢測方面的應用價值也備受關注。該文總結和歸納了基于 mNGS 的抗菌藥物敏感性檢測方法，從耐藥基因數據庫、序列比對軟件、耐藥基因數據比對方法和耐藥預測模型方面分析比較了 mNGS 藥物敏感性檢測的分析流程，并探討了 mNGS 耐藥分析臨床應用存在的問題。
目的利用宏基因組二代測序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）技術分析肺部感染患者下呼吸道微生物特征，提高臨床對于肺部感染患者病原學特征的認識。方法 納入在2020年8月—2021年10月期間，四川大學華西醫院應用mNGS技術檢測肺泡灌洗液微生物特征的840例疑似肺部感染患者，回顧性分析所有患者的下呼吸道微生物特征。結果共納入840例患者，743例檢出微生物陽性，其中細菌感染比例最高，占35.13%（261/743）；細菌中鮑曼不動桿菌比例最高，占18.98% （141/743），其次是肺炎鏈球菌（14.13%、105/743），肺炎克雷伯菌（13.46%、100/743），屎腸球菌（12.11%、90/743）和結核分枝桿菌復合群（11.98%、89/743）。其中平均序列數最高的是鮑曼不動桿菌（2607.48）。另外，也檢出了一些特殊的病原體，如檢出9例鸚鵡熱衣原體。真菌感染主要為白色念珠菌（12.38%、92/743），耶氏肺孢子菌（9.02%、67/743）和煙曲霉（7.40%、55/743），其中耶氏肺孢子菌的平均序列數較高（141.86）。另外，也檢出了一些特殊的病原體，如檢出1例馬爾尼菲籃狀菌。病毒感染主要為人類β皰疹病毒5型（17.90%、133/743），人類γ皰疹病毒4型（17.36%、129/743），人類β皰疹病毒7型（16.15%、120/743）和人類α皰疹病毒1型（13.59%、101/743），其中平均序列數最高的是人類α皰疹病毒1型（367.27）。寄生蟲感染最少，只檢出2例多房棘球絳蟲，2例廣州管圓線蟲，2例屋塵螨和1例粉塵螨，以合并細菌和病毒感染為主。共有407例患者檢出混合型感染，其中以病毒和細菌混合型感染最多（22.61%、168/743）。不同季節的微生物分布也存在一定的特征。秋冬季檢出頻數最多的是細菌（鮑曼不動桿菌），春夏季檢出頻數最多的是病毒（人類γ皰疹病毒4型）。結論肺部感染患者的下呼吸道微生物中，革蘭陰性菌以鮑曼不動桿菌和肺炎克雷伯菌為主，革蘭陽性菌以肺炎鏈球菌，屎腸球菌和結核分枝桿菌復合群為主；真菌以白色念珠菌，耶氏肺孢子菌和煙曲霉為主；病毒以人類β皰疹病毒5型，人類γ皰疹病毒4型和人類β皰疹病毒7型為主；寄生蟲感染很少，無明顯特征；合并感染以細菌感染和細菌病毒混合感染為主；秋冬季和春夏季的微生物特征不同；另外，需要注意特殊的致病微生物，例如鸚鵡熱衣原體和馬爾尼菲籃狀菌等。提示臨床醫生這些特征可以作為肺部感染病因診斷的參考與依據。