目的 幽門螺桿菌NCTC11637菌株Hp1501基因進行序列測定，并運用生物信息學軟件對其進行分析。 方法 用聚合酶鏈反應方法從幽門螺桿菌 NCTC11637菌株基因組DNA擴增Hp1501基因，T-A克隆，鑒定后測序，將基因序列向GeneBank提交并申請登錄號，用生物信息學軟件分析其生物學特性。 結果 成功獲取幽門螺桿菌 NCTC11637株Hp1501基因序列，獲得GeneBank登錄號JF820815。軟件分析表明，序列全長為1 164 bp，與幽門螺桿菌國際標準株26695和J99的基因序列一致性為96%～97%，氨基酸序列一致性為97%～98%；軟件預測其編碼的前59個氨基酸為信號肽，其編碼的核心肽為幽門螺桿菌外膜蛋白。 結論 成功測定幽門螺桿菌 NCTC11637菌株Hp1501基因序列并預測出其生物學特性，為進一步研究其功能，闡明其致病機制奠定了基礎。Objective To determine the sequence of Hp1501 gene from H. pylori NCTC11637 and analyze the sequence with bioinformatics software. Methods Polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify the Hp1501 gene from chromosomal DNA of H. pylori NCTC11637. After T-A clone, the amplified DNA sequence was determined and the gene sequence was sent to GeneBank for analysis with bioinformatics software. Results Hp1501 gene from H. pylori NCTC11637 was successfully attained, and the logging number for GeneBank was JF820815. The analysis showed that the gene sequence was 1164 bp in length, 96%-97% identical in DNA sequence and 97%-98% identical in amino acid sequence compared with standard strain 26695 and J99. The forward 59 amino acids were signal peptide and the core peptide was outer membrane protein of H. pylori based on the software prediction. Conclusions The sequence and bionomics of Hp1501 gene from H. pylori NCTC11637 has been determined successfully. It provides a solid base for the further research of the biological function and pathogenicity mechanism of H. pylori.
現已認識到免疫反應、轉錄因子核因子κB( NF-κB) 的激活、細胞因子、中性粒細胞的激活和肺泡滲入、凝血級聯反應、腎素-血管緊張素系統等多種因素構成的復雜網絡參與急性肺損傷/急性呼吸窘迫綜合征( ALI/ARDS) 的發病過程[ 1-5] 。雖然膿毒癥、創傷、肺炎等ALI/ARDS誘發因素很常見, 但僅有部分病人發生ALI/ARDS, 并且具有相似臨床特征的ALI/ARDS病人可有截然不同的結果, 這種異質性引起研究者對影響ALI/ARDS 易感性和預后的遺傳因子進行鑒別的濃厚興趣[ 6] 。由于數量龐大的表現型變異, 不完全的基因外顯率、復雜的基因-環境相互作用及高度可能的基因座不均一性而使ALI 遺傳學的研究受到挑戰[ 7] 。近年來基因組學技術被應用于ALI/ARDS 發病機制的研究, 加深了人們對ALI/ARDS的認識并有可能發展出新的治療策略以降低其發病率和病死率。
目的 研究人fxyd6基因在正常膽管與膽管癌組織中的表達,檢測該基因在膽管癌組織切片中的亞細胞表達定位.方法 采用逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)方法檢測人fxyd6基因在正常膽管和膽管癌新鮮組織中的表達; 采用原位RT-PCR(IS-RT-PCR)方法原位檢測該基因在膽管癌石蠟組織切片中的亞細胞表達定位,并應用多媒體圖像分析軟件進行半定量分析.結果 人fxyd6基因在正常膽管和膽管癌組織中存在差異性表達; 原位RT-PCR檢測表明人fxyd6基因定位于膽管癌上皮細胞胞漿內,在腫瘤細胞中的表達明顯高于在正常膽管細胞中的表達(Plt;0.05).結論 人fxyd6基因在膽管癌的轉化、演進過程中可能起重要作用.
目的驗證通過生物信息學技術篩選出 Yes-相關蛋白（YAP）在大鼠心肌缺血再灌注損傷中的表達情況，為后期進一步研究奠定基礎。 方法利用生物信息學技術分析大鼠心肌缺血再灌注損傷的差異基因，應用KOBAS2.0 以及 KEGG 數據庫篩選出相關的信號通路和關鍵基因。將 18 只 Sprague Dawley 大鼠隨機分配為正常組（n=6）、假手術組（n=6）、缺血再灌注損傷組（模型組， n=6），采用免疫組織化學、逆轉錄熒光定量聚合酶鏈反應、蛋白質印跡法檢測篩選出的靶基因的表達情況。 結果通過生物信息學技術篩選出差異表達基因共 345 條，上調181 條，下調 164 條；篩選出的差異基因主要富集于 Wnt、HIPPO、MAKP、Jak-STAT 等信號通路；該課題組關注HIPPO 信號通路，發現與正常組和假手術組比較，模型組中其關鍵蛋白 YAP 在基因以及蛋白表達水平增加，差異有統計學意義（P＜0.05）。 結論經生物信息學篩選出來的 HIPPO 信號通路關鍵蛋白 YAP 在大鼠心肌缺血再灌注損傷中表達增加。
研究原癌基因pim-2的分子生物學特性, 分析其相關機制。使用生物信息學方法和技術研究分析原癌基因pim-2, 用在線服務器分析pim-2基因的染色體定位, 預測外顯子、開放式閱讀框、CpG島和miRNAs互補片段等。用生物信息學軟件預測原癌基因pim-2轉錄蛋白的理化性質和蛋白序列各類修飾位點, 如泛素化、糖基化等, 計算抗原指數, 模建空間結構。結果顯示原癌基因pim-2有6個外顯子, CDS編碼框轉錄一段含311個氨基酸的肽鏈; 基因啟動子存在CpG島; 3'UTR區域含miRNA基因。Pim-2蛋白分子量34 188.47, 等電點5.78, 不穩定指數是45.87, 消光系數為279 nm; 蛋白序列分布著多處共價修飾位點、2處泛素化位點、4處糖基化位點、1處SUMO化位點、1處亞硝基化位點以及2處棕櫚酰化位點; 蛋白序列存在16段抗原指數較高區域。研究表明原癌基因pim-2序列上所分布的相關區域和修飾位點與其致癌作用存在密切關系。
本文應用生物信息學技術預測結核分枝桿菌潛伏感染相關蛋白Rv2004c的抗原表位, 為結核病的診斷和疫苗研發篩選合適的抗原靶位。通過Blast分析發現Rv2004c蛋白與人類蛋白的同源性較低; 采用DNAStar軟件包中的Protean軟件分析其二級結構、親水性、抗原性、柔韌性及表面可能性, 預測該蛋白有10個候選B細胞抗原表位; 應用RANKPEP及SYFPEITHI法預測該蛋白有37個候選Th細胞抗原表位, 主要位于第200位氨基酸之后, 其中HLA-DRB1*0401及HLA-DRB1*0701表型相對的表位數目較多且某些候選表位的主要組織相容性復合體(MHC)限制類型存在交叉重疊; 應用SYFPEITHI法、BIMAS法及NetCTL法預測該蛋白有10個候選細胞毒性T淋巴細胞(CTL)表位, 其中以HLA-A2限制性表位數目較多、分值較高。由此得出結論:Rv2004c蛋白含有較多潛在的T細胞和B細胞抗原表位, 可作為新的結核病診斷試劑和疫苗研發的候選靶蛋白。
目的從分子水平探討博萊霉素誘導肺纖維化小鼠模型的發病機制,為臨床診療提供新思路。 方法從公共基因芯片數據庫中下載博萊霉素誘導野生型小鼠肺纖維化的相關基因芯片數據,使用BRB-Array Tools軟件對其進行分析,篩選小鼠肺纖維化疾病不同時間點的差異表達基因;并利用DAVID工具進行生物信息學分析。 結果BRB分析發現45 101個差異表達基因,博萊霉素誘導后7 d顯著上調1 164個基因(P<0.05,變化倍數>2),下調735個;第14 d上調731個,下調390個(P<0.05,變化倍數>2)。DAVID分析發現上調的基因在細胞周期、p53信號、化學因子信號通路及損傷反應、膠原代謝等生物學過程中有顯著富集;而下調的基因在藥物代謝信號通路中有顯著富集。 結論利用生物信息學方法能有效分析基因芯片數據并獲取內在信息,為深入認識肺纖維化病程的主要分子事件和細胞信號轉導通路改變,并進一步發現肺纖維化的早期診斷標志與治療靶點提供新的思路。
目的分析大鼠BMSCs自發鈣化過程中成骨相關基因表達譜的改變。 方法取健康3日齡SD大鼠骨髓分離培養BMSCs并擴增至第4代，體外構建自發鈣化模型。于培養7、14 d，倒置相差顯微鏡觀察細胞生長狀況及自發鈣化進程，并行茜素紅染色觀察。分別于培養0、7、14 d時收集細胞進行基因芯片分析，并對差異表達基因進行生物信息學分析。實時熒光定量PCR（real-time quantitative PCR，RT-qPCR）驗證芯片分析結果。 結果大鼠BMSCs在體外發生了自發鈣化，并于培養7 d后細胞開始堆集，茜素紅染色為弱陽性；培養14 d后細胞堆積明顯并形成典型的茜素紅染色陽性鈣結節樣結構。自發鈣化過程中共檢測到576個差異表達的基因探針，對應378個大鼠基因。其中0 d和7 d相比有359個差異表達的基因探針，而7 d和14 d相比只有13個差異表達的基因探針。差異表達基因依據表達模式不同可分為6類；依據生物學功能親和關系，與骨細胞生物學密切關聯的差異表達基因又可分為7大類，即血管生成、細胞凋亡、骨相關基因、細胞周期、發育、細胞通訊和成骨信號通路。基因功能關聯性分析顯示有12個在功能上聯系密切的細胞周期類基因在自發鈣化過程中發生了下調；此外，基質金屬蛋白酶13（matrix metalloproteinase 13，Mmp13）、分泌型磷酸蛋白1（secreted phosphoprotein 1，Spp1）、Cxcl12、Mmp2、Mmp3、Apoe和Itga7與較多的差異表達基因存在功能上的聯系。Spp1、Mgp、Mmp13、Wnt抑制因子1、Cxcl12和細胞周期素A2的RT-qPCR驗證結果與基因芯片結果一致。 結論細胞接種后的前7 d是決定大鼠BMSCs自發鈣化的關鍵期。BMSCs自發鈣化過程受細胞通訊類基因、骨相關基因、細胞周期類基因、TGF-β信號通路、絲裂原活化蛋白激酶信號通路和Wnt信號通路等多方面的共同調控。
目的 建立H7N9禽流感患者恢復期T細胞受體庫，尋找H7N9特異性T細胞受體變化。 方法 收集2013年3月至5月確診的8例人感染禽流感H7N9患者恢復期血液以及10例健康人血液，分離基因組DNA，采用Illumina HeSeq2000測序平臺對T細胞受體庫β鏈（TRB）抗原互補決定區3進行高通量測序，分析TRB庫的多樣性等特征。 結果 與正常組比較，H7N9患者某些TRBV基因使用頻率如TRBV30、TRBV27存在顯著差異。使用主成分分析降維后，發現恢復期患者TRBV-TRBJ基因配對模式與正常人有顯著差別，可用于區分H7N9患者和正常人群。患者-患者、正常人-正常人之間的共享序列數量和頻率明顯大于患者-正常人，且患者間TRB庫具有較高相似度。多樣性指數在患者組明顯低于正常人群，顯示在感染恢復期其免疫功能仍處于相對低下狀態。同時H7N9患者中超高表達克隆明顯增多，且序列間存在較高相似性。 結論 H7N9恢復期患者T細胞受體庫有H7N9特征性變化，這些特征將為疾病的診斷和治療性T細胞的研究提供重要信息。
目的 探討 Hippo 信號通路關鍵蛋白 Yes 激酶相關蛋白 1（yes-associated protein 1，YAP1）在大鼠顱腦損傷中的表達情況，為后期進一步研究奠定基礎。 方法 選取 18 只雄性Sprague Dawley（SD）大鼠，隨機分配為對照組、假手術組、顱腦損傷組，每組 8 只。采用免疫組織化學、熒光定量聚合酶鏈反應、蛋白質印跡法檢測 YAP1 在大鼠顱腦損傷后的表達情況。 結果 大鼠顱腦損傷 72 h 后，與對照組和假手術組相比，顱腦損傷組 YAP1 蛋白在基因以及蛋白水平表達增加（P<0.05）。 結論 Hippo 信號通路關鍵蛋白 YAP1 在大鼠顱腦損傷中表達增加，YAP1 可能成為新的治療靶點。