隨著精準醫學的進一步開展，基因檢測如雨后春筍般涌現，但檢測報告質量卻良莠不齊，亟待標準來規范。2015年，美國醫學遺傳學和基因組學會(American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG)發布了關于測序技術在臨床上應用的專業標準和指南，希望能為變異數據評級提供一個相對科學的標準。但2016年，Amendola等對比了美國9個中心實驗室的測序解讀結果，發現ACMG指南在具體實施過程中仍存在許多問題。所有實驗室均通過該指南進行變異結果的判斷，但其評級的相符率僅有34%。而對于ACMG指南的理解不同，是導致變異等級判斷結論不一致的主要原因。作為臨床醫生，基因檢測報告的解讀是不可或缺的基本功，不僅要向實驗室提供準確和完整的臨床信息，也需要了解及掌握該指南，知道如何準確使用基因檢測提供的證據來進行后續的診斷和治療決策。現將基于ACMG指南，對3例癲癇患者基因檢測報告進行解讀，期望能更加形象具體地闡釋該指南，使更多的臨床醫生更好的理解及運用指南。
引用本文： 陳璇, 秦娜, 鄧艷春. 基于美國醫學遺傳學和基因組學會指南的基因檢測報告解讀. 癲癇雜志, 2017, 3(5): 395-400. doi: 10.7507/2096-0247.20170061 復制
1977年，英國生物化學家Sanger發明雙脫氧核糖核酸鏈末終止法實現了DNA測序[1]。歷時40年，基因測序技術現在已發展到第3代，日新月異的基因測序技術，也使其在報告解讀方面挑戰重重。為了明確檢測出的基因變異是否具有致病性，提供一個相對科學的標準及指南，美國醫學遺傳學和基因組學會(American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG)在2013年成立了工作組并審查和修訂了基因變異解讀的標準。該工作組由臨床實驗室主任和臨床醫生組成，先后通過兩次大規模調研，2 000多家單位合作驗證，超過33個實驗室反饋支持，最終于2015年5月在《Genetics in Medicine》雜志上發布了這份指南[2]，其主要內容為變異證據評估的加權標準體系以及應用這個標準將變異分為五類的準則。
1 美國醫學遺傳學和基因組學會指南
1.1 變異分級
按ACMG指南中規定的標準術語，將變異分為5級，分別為:致病、可能致病、良性、可能良性、意義未明。這里的可能是指有90%以上的致病性或良性。
1.2 證據分類
證據來源分別為人群數據、預測結果、基因功能、連鎖分析、新發變異、等位基因、其他數據庫收錄及其它來源8種，每一種又按2類標準分不同的等級。致病標準:極強PVS1、強PS(1-4)、中等PM(1-6)、支持PP(1-5)；良性標準:獨立BA1、強BS(1-4)、支持BP(1-7)。見表 1。
表1
證據分類及致病等級
1.3 確定遺傳變異分類的證據聯合標準規則
致病包括以下8種組合形式: 1個極強致病性證據(PVS1)+至少1個強致病性證據(PS1-4)；1個極強致病性證據(PVS1)+至少2個中等致病性證據(PM1-6)；1個極強致病性證據(PVS1)+至少2個支持致病性證據(PP1-5)；1個極強致病性證據(PVS1)+任意1個中等致病性證據(PM1-6)+任意1個支持致病性證據(PP1-5)；至少2個強致病性證據(PS1-4)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+至少3個中等致病性證據(PM1-6)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+2個中等致病性證據(PM1-6)+至少2個支持致病性證據(PP1-5)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+1個中等致病性證據(PM1-6)+至少4個支持致病性證據(PP1-5)。
可能致病包括以下6種組合形式: 1個極強致病性證據(PVS1)+1個中等致病性證據(PM1-6)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+1~2個中等致病性證據(PM1-6)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+至少2個支持致病性證據(PP1-5)；至少3個中等致病性證據(PM1-6)；2個中等致病性證據(PM1-6)+至少2個支持致病性證據(PP1-5)；1個中等致病性證據(PM1-6)+至少4個支持致病性證據(PP1-5)。
良性包括以下2種組合形式:任意1個獨立良性證據(BA1)；至少2個強良性證據(BS1-4)。
可能良性包括以下2種組合形式: 1個強良性證據(BS1-4)+1個支持良性證據(BP1-7)；至少2個支持良性證據(BP1-7)。
意義未明:不滿足上述標準或良性和致病標準相互矛盾。見表 2。
表2
遺傳變異等級確定的證據聯合規則
2 美國醫學遺傳學和基因組學會指南實例解讀
病例1 ?患兒，男，12歲。3年前無明顯誘因在睡眠中突然出現四肢抽搐，意識喪失，呼之不應，伴有胡言亂語，持續約5~6 min后緩解；1年前，患兒在睡眠中突然聽到怪獸吼聲，繼而全面強直陣攣發作，持續約數十秒后緩解；其后每周發作1~2次，均在夜間睡眠中發生；白天清醒時有突然的雙眼視物不清。頭顱核磁共振(MRI)未見明顯異常。24 h視頻腦電圖(VEEG)示:左枕、后顳單發尖慢波發放(圖 1)。否認家族史。初步診斷:癲癇。為探查癲癇病因，對患者基因組DNA進行全外顯子組捕獲和測序，發現LGI1基因的一個雜合變異: c.606delC(p.203，P>Pfs37)，即cDNA上第606位堿基C缺失導致其編碼的蛋白質從第203位脯氨酸開始再翻譯37個氨基酸即停止，形成該蛋白的截短突變。先證者的父親、母親均無類似癥狀，在簽署知情同意書后，我們采集了先證者父母親的血液行LGI1基因特征位點的驗證，發現兩者均為野生型。說明患者的基因突變屬于新生變異。
圖1
例1 24 h VEEG左枕、后顳單發尖慢波發放
報告解讀:根據ACMG指南，首先從8個方面尋找證據，逐一比對后確定每個證據的分類。變異在外顯子組整合人群數據庫(The Exome Aggregation Consortium，ExAC)中出現一次，為罕見變異，屬于中等致病性證據(PM2)；該變異為移碼突變，導致編碼的蛋白提前終止，屬于極強致病性證據(PVS1)；在父母的測序數據中并無檢測到該變異，分析為患兒的新生變異，屬于強致病證據(PS2)。然后，聯合證據，確定其變異性質: PVS1+PS2+PM2，為“致病”變異中的組合a，故變異性質確定為致病。
LGI1基因是常染色體顯性遺傳顳葉外側癲癇(Autosomal dominant lateral temporal epilepsy，ADLTE)的致病基因，呈常染色體顯性遺傳。該病往往年輕時發病，于睡眠中起病，可伴特定誘因，如突如其來的聲音刺激誘發癲癇發作，大多有聽覺先兆或其他感覺先兆:如視覺癥狀、嗅覺癥狀、眩暈等[3]。最后，在臨床上我們根據基因檢測結果，結合患者臨床癥狀，對其做出LGI1基因c.606delC新生雜合突變ADLTE的診斷。
病例2 ?患兒，男，3歲9個月。10個月前開始出現雙下肢不自主抖動，每天發作數次，均在清醒時發生。查體:精神發育遲滯，言語不清，走路不穩，反應較同齡人慢。否認家族史。24 h VEEG示:雙側中央、頂、枕、中、后顳、中線中央、頂導可見多量單、連發尖慢綜合波發放(圖 2)。臨床診斷:癲癇。對患兒及其父母基因組DNA進行全外顯子組測序。檢測結果為GRIN2A基因的一個雜合變異: c.3074C>A(p.Ser1025*)，即: cDNA上第3 074位堿基由C突變為A導致其編碼的蛋白質在第1 025位上絲氨酸的密碼子變成終止碼，從而使蛋白翻譯提前停止，形成該蛋白的截短突變。而父母未檢測到該變異，分析為患兒的新生變異。
圖2
例2 24 h VEEG雙側中央、頂、枕、中、后顳、中線中央、頂導可見多量單、連發尖慢綜合波發放
報告解讀:該變異在人群數據庫中尚未見報道，為罕見變異，屬于中等致病性證據(PM2)；該變異為無義突變，導致蛋白翻譯提前終止，人類基因突變數據庫(Human Gene Mutation Database，HGMD)中有多個該基因無義突變導致癲癇的報道，提示無義突變是該基因致病的原因之一。但該變異位于蛋白最后一個外顯子上，故需謹慎，不能直接定級為極強致病證據(PVS1)。該位置下游的c.4161C>A(p.Tyr1387*)變異在一個癲癇家系3位有癥狀的成員中發現[4]，因此推斷患兒攜帶的也是位于該外顯子上的變異，c.3074C>A(p.Ser1025*)雖然靠近蛋白C端，終止蛋白的表達對其功能仍有影響，也屬于中等致病性證據(PM4)；在父母的測序數據中并未檢測到該變異，分析為患兒的新生變異，屬于強致病證據(PS2)。PS2+PM2+PM4為“可能致病”變異中的組合b，故變異性質確定為可能致病。
GRIN2A是癲癇伴語言障礙及部分伴智力遲緩癥(Epilepsy，focal，with speech disorder and with or without mental retardation，FESD)的致病基因，呈常染色顯性遺傳。該病在兒童期發作，常在3~6歲出現癲癇并有腦電圖異常，患者表現語言障礙，部分出現不同程度的智力障礙[4]。本例患兒3歲起病，有癲癇、智力障礙及言語不清，癥狀體征上較為符合，結合臨床對患兒做出了GRIN2A基因c.3074C>A新生雜合突變FESD的診斷。
病例3 ?患兒，男，8歲。4年前高熱時出現驚厥，當時體溫為38℃，表現為頭偏向左側抽搐、口角歪斜、眼睛無神、呼之不應，數秒鐘后緩解。至今共發作5次，每次體溫均在38.5~39℃左右，持續時間十余秒至數分鐘，發作形式同前，未口服任何藥物。否認家族史。自訴曾外院行頭顱斷層掃描(CT)、24 h VEEG未發現異常。對患兒及其父母基因組DNA進行全外顯子組測序。其檢測結果顯示兩個錯義變異:一個是CACNA1H基因的雜合錯義變異c.3310C>T(p.R1104W)，即cDNA上第3 310位堿基由C突變為T導致其翻譯的蛋白質第1 104位上的氨基酸由精氨酸變成了色氨酸，來自母親；另一個是SCN9A基因的雜合錯義變異c.1712C>T(p.A571V)，即cDNA上第1 712位堿基由C突變為T導致其翻譯的蛋白質第571位上的氨基酸由丙氨酸變成了纈氨酸，來自父親。
報告解讀: 2個變異在人群數據庫中均尚未見報道，為罕見變異，屬于中等致病性證據(PM2)；SIFT、MutationTaster預測其均為有害，為支持致病性證據(PP3)。PM2+PP3不屬于任何一種組合，故只能定義為意義未明。CACNA1H基因和兒童失神癲癇及特發性全面性癲癇相關[5, 6]；SCN9A基因是全面性癲癇伴熱性癲癇7型的致病基因，呈常染色體顯性遺傳，其基因變異可導致不同程度的癲癇疾病，從早發型單熱性癲癇到全面型癲癇伴熱性癲癇7型[7, 8]。單發熱性癲癇患者常在出生5個月~4歲開始發病，在6歲左右自發緩解；而全面型癲癇伴熱性癲癇7型患者在后期仍會表現多樣化的熱性或無熱癲癇。本例患兒，突變基因所對應的疾病表型與其臨床癥狀部分相關，但遺傳模式不符，在臨床上將暫時不能得出病因診斷。當然，我們也不能忽視這些信息，這些現定為意義未明的變異，可能會隨著數據庫和指南的不斷更新，重新獲得分析及評級。
3 討論
隨著精準醫學的進一步開展，基因檢測將會被臨床醫生廣泛使用。通常來說，基因檢測結果可以幫助臨床醫生為患者做出個體化的治療方案，包括疾病診斷、用藥選擇、危險因素的規避以及遺傳咨詢等等。但基因檢測報告解讀過程復雜，需要臨床醫生和實驗室專業人員共同協作才能得到最佳結果。2016年，Amendola等對比了美國9個中心實驗室的測序解讀結果，發現ACMG指南在具體實施過程中仍存在許多問題，所有實驗室均通過該指南進行變異結果的判斷，但其評級的相符率僅有34%，而由于等級判讀不一致從而影響臨床決策的占到了22%[9]。這說明，對指南的理解，很大程度上會影響變異級別的判定。所以，作為臨床醫生，我們更需要掌握和理解這份指南，將基因檢測報告解讀作為自己的基本功，不能僅僅依賴基因公司提供的報告來進行臨床決策。
當實驗室在測序中發現一個罕見或新發的變異時，不能僅因該變異罕見或新發，就確定其為“致病”，而是必須通過患者的臨床癥狀、體征、各項檢驗結果和家族史來對基因和變異進行評估，進而區分致病性和良性。一般來說，根據指南推薦的方法劃分為致病或可能致病的變異(病例1、2)，臨床醫生可以此檢測結果結合臨床信息作出基因上的診斷，進行后續的個體化治療。但是應盡量避免使用此類信息作為疾病診斷的唯一證據，需要與疑診疾病的其它證據相結合，來謹慎地制定臨床決策。但若是意義未明的變異(病例3)，就需要正確看待，不能過度診斷，得出錯誤的判斷去指導臨床診斷治療及遺傳咨詢。意義未明的變異，是不宜直接作為臨床決策依據的。因此，指南中也提倡我們盡量不要把變異歸為意義未明，盡可能將他們劃分為致病或良性。
目前，指南內容在不斷更新，變異分級標準也不盡完善，因而得到的變異分類也并不是100%確定的。檢測報告得出的可能致病變異，以后也許有新的研究證據，明確其會導致基因功能受損，將使可能致病變異重升級為致病變異；而一份意義未明的報告，也可能隨著數據庫的更新，發現其等位基因頻率>5%，或以后有研究者在體內外實驗中確認該變異對蛋白質功能和剪接沒有影響，使意義未明變異重新降級為良性或可能良性變異。所以，對變異的再分析，是非常必要的。
期望越來越多的臨床醫生了解和掌握ACMG指南，通過對患者的隨訪，補充表型信息，反饋其致病性或良性的證據，為指南的更新修訂提供大量的數據支撐。同時，愈加完善的評級標準，代表著愈加精準的變異信息，臨床醫生也將憑借此類生物學信息為患者做出更加正確的臨床決策，提供更有價值的遺傳咨詢。
1977年，英國生物化學家Sanger發明雙脫氧核糖核酸鏈末終止法實現了DNA測序[1]。歷時40年，基因測序技術現在已發展到第3代，日新月異的基因測序技術，也使其在報告解讀方面挑戰重重。為了明確檢測出的基因變異是否具有致病性，提供一個相對科學的標準及指南，美國醫學遺傳學和基因組學會(American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG)在2013年成立了工作組并審查和修訂了基因變異解讀的標準。該工作組由臨床實驗室主任和臨床醫生組成，先后通過兩次大規模調研，2 000多家單位合作驗證，超過33個實驗室反饋支持，最終于2015年5月在《Genetics in Medicine》雜志上發布了這份指南[2]，其主要內容為變異證據評估的加權標準體系以及應用這個標準將變異分為五類的準則。
1 美國醫學遺傳學和基因組學會指南
1.1 變異分級
按ACMG指南中規定的標準術語，將變異分為5級，分別為:致病、可能致病、良性、可能良性、意義未明。這里的可能是指有90%以上的致病性或良性。
1.2 證據分類
證據來源分別為人群數據、預測結果、基因功能、連鎖分析、新發變異、等位基因、其他數據庫收錄及其它來源8種，每一種又按2類標準分不同的等級。致病標準:極強PVS1、強PS(1-4)、中等PM(1-6)、支持PP(1-5)；良性標準:獨立BA1、強BS(1-4)、支持BP(1-7)。見表 1。
表1
證據分類及致病等級
1.3 確定遺傳變異分類的證據聯合標準規則
致病包括以下8種組合形式: 1個極強致病性證據(PVS1)+至少1個強致病性證據(PS1-4)；1個極強致病性證據(PVS1)+至少2個中等致病性證據(PM1-6)；1個極強致病性證據(PVS1)+至少2個支持致病性證據(PP1-5)；1個極強致病性證據(PVS1)+任意1個中等致病性證據(PM1-6)+任意1個支持致病性證據(PP1-5)；至少2個強致病性證據(PS1-4)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+至少3個中等致病性證據(PM1-6)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+2個中等致病性證據(PM1-6)+至少2個支持致病性證據(PP1-5)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+1個中等致病性證據(PM1-6)+至少4個支持致病性證據(PP1-5)。
可能致病包括以下6種組合形式: 1個極強致病性證據(PVS1)+1個中等致病性證據(PM1-6)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+1~2個中等致病性證據(PM1-6)；任意1個強致病性證據(PS1-4)+至少2個支持致病性證據(PP1-5)；至少3個中等致病性證據(PM1-6)；2個中等致病性證據(PM1-6)+至少2個支持致病性證據(PP1-5)；1個中等致病性證據(PM1-6)+至少4個支持致病性證據(PP1-5)。
良性包括以下2種組合形式:任意1個獨立良性證據(BA1)；至少2個強良性證據(BS1-4)。
可能良性包括以下2種組合形式: 1個強良性證據(BS1-4)+1個支持良性證據(BP1-7)；至少2個支持良性證據(BP1-7)。
意義未明:不滿足上述標準或良性和致病標準相互矛盾。見表 2。
表2
遺傳變異等級確定的證據聯合規則
2 美國醫學遺傳學和基因組學會指南實例解讀
病例1 ?患兒，男，12歲。3年前無明顯誘因在睡眠中突然出現四肢抽搐，意識喪失，呼之不應，伴有胡言亂語，持續約5~6 min后緩解；1年前，患兒在睡眠中突然聽到怪獸吼聲，繼而全面強直陣攣發作，持續約數十秒后緩解；其后每周發作1~2次，均在夜間睡眠中發生；白天清醒時有突然的雙眼視物不清。頭顱核磁共振(MRI)未見明顯異常。24 h視頻腦電圖(VEEG)示:左枕、后顳單發尖慢波發放(圖 1)。否認家族史。初步診斷:癲癇。為探查癲癇病因，對患者基因組DNA進行全外顯子組捕獲和測序，發現LGI1基因的一個雜合變異: c.606delC(p.203，P>Pfs37)，即cDNA上第606位堿基C缺失導致其編碼的蛋白質從第203位脯氨酸開始再翻譯37個氨基酸即停止，形成該蛋白的截短突變。先證者的父親、母親均無類似癥狀，在簽署知情同意書后，我們采集了先證者父母親的血液行LGI1基因特征位點的驗證，發現兩者均為野生型。說明患者的基因突變屬于新生變異。
圖1
例1 24 h VEEG左枕、后顳單發尖慢波發放
報告解讀:根據ACMG指南，首先從8個方面尋找證據，逐一比對后確定每個證據的分類。變異在外顯子組整合人群數據庫(The Exome Aggregation Consortium，ExAC)中出現一次，為罕見變異，屬于中等致病性證據(PM2)；該變異為移碼突變，導致編碼的蛋白提前終止，屬于極強致病性證據(PVS1)；在父母的測序數據中并無檢測到該變異，分析為患兒的新生變異，屬于強致病證據(PS2)。然后，聯合證據，確定其變異性質: PVS1+PS2+PM2，為“致病”變異中的組合a，故變異性質確定為致病。
LGI1基因是常染色體顯性遺傳顳葉外側癲癇(Autosomal dominant lateral temporal epilepsy，ADLTE)的致病基因，呈常染色體顯性遺傳。該病往往年輕時發病，于睡眠中起病，可伴特定誘因，如突如其來的聲音刺激誘發癲癇發作，大多有聽覺先兆或其他感覺先兆:如視覺癥狀、嗅覺癥狀、眩暈等[3]。最后，在臨床上我們根據基因檢測結果，結合患者臨床癥狀，對其做出LGI1基因c.606delC新生雜合突變ADLTE的診斷。
病例2 ?患兒，男，3歲9個月。10個月前開始出現雙下肢不自主抖動，每天發作數次，均在清醒時發生。查體:精神發育遲滯，言語不清，走路不穩，反應較同齡人慢。否認家族史。24 h VEEG示:雙側中央、頂、枕、中、后顳、中線中央、頂導可見多量單、連發尖慢綜合波發放(圖 2)。臨床診斷:癲癇。對患兒及其父母基因組DNA進行全外顯子組測序。檢測結果為GRIN2A基因的一個雜合變異: c.3074C>A(p.Ser1025*)，即: cDNA上第3 074位堿基由C突變為A導致其編碼的蛋白質在第1 025位上絲氨酸的密碼子變成終止碼，從而使蛋白翻譯提前停止，形成該蛋白的截短突變。而父母未檢測到該變異，分析為患兒的新生變異。
圖2
例2 24 h VEEG雙側中央、頂、枕、中、后顳、中線中央、頂導可見多量單、連發尖慢綜合波發放
報告解讀:該變異在人群數據庫中尚未見報道，為罕見變異，屬于中等致病性證據(PM2)；該變異為無義突變，導致蛋白翻譯提前終止，人類基因突變數據庫(Human Gene Mutation Database，HGMD)中有多個該基因無義突變導致癲癇的報道，提示無義突變是該基因致病的原因之一。但該變異位于蛋白最后一個外顯子上，故需謹慎，不能直接定級為極強致病證據(PVS1)。該位置下游的c.4161C>A(p.Tyr1387*)變異在一個癲癇家系3位有癥狀的成員中發現[4]，因此推斷患兒攜帶的也是位于該外顯子上的變異，c.3074C>A(p.Ser1025*)雖然靠近蛋白C端，終止蛋白的表達對其功能仍有影響，也屬于中等致病性證據(PM4)；在父母的測序數據中并未檢測到該變異，分析為患兒的新生變異，屬于強致病證據(PS2)。PS2+PM2+PM4為“可能致病”變異中的組合b，故變異性質確定為可能致病。
GRIN2A是癲癇伴語言障礙及部分伴智力遲緩癥(Epilepsy，focal，with speech disorder and with or without mental retardation，FESD)的致病基因，呈常染色顯性遺傳。該病在兒童期發作，常在3~6歲出現癲癇并有腦電圖異常，患者表現語言障礙，部分出現不同程度的智力障礙[4]。本例患兒3歲起病，有癲癇、智力障礙及言語不清，癥狀體征上較為符合，結合臨床對患兒做出了GRIN2A基因c.3074C>A新生雜合突變FESD的診斷。
病例3 ?患兒，男，8歲。4年前高熱時出現驚厥，當時體溫為38℃，表現為頭偏向左側抽搐、口角歪斜、眼睛無神、呼之不應，數秒鐘后緩解。至今共發作5次，每次體溫均在38.5~39℃左右，持續時間十余秒至數分鐘，發作形式同前，未口服任何藥物。否認家族史。自訴曾外院行頭顱斷層掃描(CT)、24 h VEEG未發現異常。對患兒及其父母基因組DNA進行全外顯子組測序。其檢測結果顯示兩個錯義變異:一個是CACNA1H基因的雜合錯義變異c.3310C>T(p.R1104W)，即cDNA上第3 310位堿基由C突變為T導致其翻譯的蛋白質第1 104位上的氨基酸由精氨酸變成了色氨酸，來自母親；另一個是SCN9A基因的雜合錯義變異c.1712C>T(p.A571V)，即cDNA上第1 712位堿基由C突變為T導致其翻譯的蛋白質第571位上的氨基酸由丙氨酸變成了纈氨酸，來自父親。
報告解讀: 2個變異在人群數據庫中均尚未見報道，為罕見變異，屬于中等致病性證據(PM2)；SIFT、MutationTaster預測其均為有害，為支持致病性證據(PP3)。PM2+PP3不屬于任何一種組合，故只能定義為意義未明。CACNA1H基因和兒童失神癲癇及特發性全面性癲癇相關[5, 6]；SCN9A基因是全面性癲癇伴熱性癲癇7型的致病基因，呈常染色體顯性遺傳，其基因變異可導致不同程度的癲癇疾病，從早發型單熱性癲癇到全面型癲癇伴熱性癲癇7型[7, 8]。單發熱性癲癇患者常在出生5個月~4歲開始發病，在6歲左右自發緩解；而全面型癲癇伴熱性癲癇7型患者在后期仍會表現多樣化的熱性或無熱癲癇。本例患兒，突變基因所對應的疾病表型與其臨床癥狀部分相關，但遺傳模式不符，在臨床上將暫時不能得出病因診斷。當然，我們也不能忽視這些信息，這些現定為意義未明的變異，可能會隨著數據庫和指南的不斷更新，重新獲得分析及評級。
3 討論
隨著精準醫學的進一步開展，基因檢測將會被臨床醫生廣泛使用。通常來說，基因檢測結果可以幫助臨床醫生為患者做出個體化的治療方案，包括疾病診斷、用藥選擇、危險因素的規避以及遺傳咨詢等等。但基因檢測報告解讀過程復雜，需要臨床醫生和實驗室專業人員共同協作才能得到最佳結果。2016年，Amendola等對比了美國9個中心實驗室的測序解讀結果，發現ACMG指南在具體實施過程中仍存在許多問題，所有實驗室均通過該指南進行變異結果的判斷，但其評級的相符率僅有34%，而由于等級判讀不一致從而影響臨床決策的占到了22%[9]。這說明，對指南的理解，很大程度上會影響變異級別的判定。所以，作為臨床醫生，我們更需要掌握和理解這份指南，將基因檢測報告解讀作為自己的基本功，不能僅僅依賴基因公司提供的報告來進行臨床決策。
當實驗室在測序中發現一個罕見或新發的變異時，不能僅因該變異罕見或新發，就確定其為“致病”，而是必須通過患者的臨床癥狀、體征、各項檢驗結果和家族史來對基因和變異進行評估，進而區分致病性和良性。一般來說，根據指南推薦的方法劃分為致病或可能致病的變異(病例1、2)，臨床醫生可以此檢測結果結合臨床信息作出基因上的診斷，進行后續的個體化治療。但是應盡量避免使用此類信息作為疾病診斷的唯一證據，需要與疑診疾病的其它證據相結合，來謹慎地制定臨床決策。但若是意義未明的變異(病例3)，就需要正確看待，不能過度診斷，得出錯誤的判斷去指導臨床診斷治療及遺傳咨詢。意義未明的變異，是不宜直接作為臨床決策依據的。因此，指南中也提倡我們盡量不要把變異歸為意義未明，盡可能將他們劃分為致病或良性。
目前，指南內容在不斷更新，變異分級標準也不盡完善，因而得到的變異分類也并不是100%確定的。檢測報告得出的可能致病變異，以后也許有新的研究證據，明確其會導致基因功能受損，將使可能致病變異重升級為致病變異；而一份意義未明的報告，也可能隨著數據庫的更新，發現其等位基因頻率>5%，或以后有研究者在體內外實驗中確認該變異對蛋白質功能和剪接沒有影響，使意義未明變異重新降級為良性或可能良性變異。所以，對變異的再分析，是非常必要的。
期望越來越多的臨床醫生了解和掌握ACMG指南，通過對患者的隨訪，補充表型信息，反饋其致病性或良性的證據，為指南的更新修訂提供大量的數據支撐。同時，愈加完善的評級標準，代表著愈加精準的變異信息，臨床醫生也將憑借此類生物學信息為患者做出更加正確的臨床決策，提供更有價值的遺傳咨詢。
