引用本文： 李斌, 李政, 尹泚, 藺軍平, 楊建寶, 朱多杰, 馮海明, 敬濤. 敲減 DDX46 后食管鱗癌細胞差異表達基因篩選及相互作用的生物信息學分析. 中國胸心血管外科臨床雜志, 2020, 27(1): 61-67. doi: 10.7507/1007-4848.201907051 復制
全球近 60% 的食管癌新發病例在中國，居我國惡性腫瘤死亡率第 4 位[1]。食管鱗癌占我國食管癌組織學類型的 90% 以上，部分患者確診時已是局部晚期或轉移性疾病，失去了根治手術的機會，遠期療效不容樂觀[1-2]。目前基因組事件導致食管鱗癌的發生機制仍不清楚，靶向治療的相關研究尚處于萌芽階段[3-4]。在前期研究[5]中，我們發現與正常食管組織相比，食管鱗癌組織中 DDX46 的表達明顯升高，敲減 DDX46 基因可顯著抑制食管鱗癌細胞增殖。然而，DDX46 參與食管鱗癌惡性生物學行為的調控機制有待進一步闡述。本研究通過基因芯片技術檢測 DDX46 敲減前后食管鱗癌 TE-1 細胞基因表達譜，利用生物信息學方法分析差異表達基因，為進一步研究 DDX46 參與食管鱗癌發生發展的分子機制，以及臨床治療尋找潛在的治療靶點提供參考。
1 材料與方法
1.1 主要試劑和材料
研究中所用試劑包括胎牛血清、1640 培養基（Lonza），SYBR Premix Ex Taq 試劑盒、PCR 擴增試劑盒（TaKaRa），DDX46 抗體、GAPDH 抗體（Sigma），RNA 提取試劑 Trizol、ds-cDNA 合成試劑盒（Invitrogen），LipofectAMINETM 2000 試劑（Santa Cruz），GeneChip? 3’ IVT Plus 試劑盒、GeneChip? Hybridization Wash and Stain 試劑盒（Affymetrix）。PCR 引物由廣州銳博生物科技有限公司設計制備。基因芯片為美國 Affymetrix 公司 Human U133 plus 2.0 全基因組表達譜芯片。
1.2 細胞培養及轉染
人食管鱗癌 TE-1 細胞株購于上海生命科學研究院細胞資源中心，置于 RPMI-1640 培養液、5%CO2、37℃ 培養箱內培養。DDX46 基因 shRNA 靶點序列：5’ -AGAAATCACCAGGCTCATA-3’ ，陰性對照序列參考文獻[6]報道。DDX46 基因慢病毒制備和包裝由吉凱基因公司完成。參考本實驗常用病毒轉染方法進行病毒轉染[7]。轉染 12 h 后更換為常規培養液繼續培養，觀察實驗組與對照組細胞狀態良好且相當；轉染 72 h 后采用熒光顯微鏡觀察綠色熒光蛋白的表達情況，熒光率即為細胞轉染率，轉染率達到 70% 以上者可繼續下游實驗。
1.3 樣品細胞總 RNA 抽提和探針制備
總 RNA 提取采用 Trizol 試劑，具體方法與步驟按 Invitrogen 公司說明書操作。所得總 RNA 的純度與完整性使用 Thermo NanoDrop 2000 紫外分光光度計和 Aglient 2100 生物分析儀檢測。質量控制標準：1.7<A260/280<2.2，RNA 的完整數（RIN）≥7.0，并且 28S/18S>0.7。質量檢驗合格后純化總 RNA。以 RNA 為模板，首先合成單鏈 cDNA，然后合成雙鏈 DNA 并純化，最后以雙鏈 DNA 為模板，通過體外反轉錄獲得帶生物素標簽的 aRNA，純化并片段化后與芯片雜交。
1.4 芯片雜交洗染和掃描
依據 Affymetrix 表達譜芯片配套提供的雜交流程和清洗染色試劑盒說明書進行雜交和芯片洗脫染色。采用GeneChip? Scanner 3000 進行掃描，AGCC 操作系統生成芯片掃描圖像和原始數據。
1.5 芯片數據可靠性驗證
隨機選取 6 個差異表達基因行實時定量聚合酶鏈式反應（qRT-PCR）檢測，驗證芯片數據的可靠性。用 Trizol 試劑充分裂解樣品細胞后提取總 RNA，按照 Promega 公司 M-MLV 操作說明書完成逆轉錄，然后進行 PCR 擴增反應。GAPDH 基因作為內參，2–ΔΔCt法計算目的基因 mRNA 的相對表達量（ΔCt=目的基因 Ct 值－內參基因 Ct 值；ΔΔCt=實驗組ΔCt 值－對照組ΔCt 平均值）。
1.6 統計學分析
芯片數據分析根據 Affymetrix 公司提供的標準流程應用 GCOSvL.4 軟件完成。差異表達基因的篩選符合以下條件：表達差異倍數的絕對值≥2，且 P<0.05。采用 Ingenuity Pathway Analysis（IPA，www.ingenuity.com）[8]在線軟件進行生物信息學分析，根據差異基因在已知信號通路中的富集情況進行共表達網絡構建。計量資料用均數±標準差（
±s）表示，應用 IBM SPSS Statistics 19.0 統計軟件進行配對樣本 t 檢驗，率的比較采用 χ2 檢驗，P<0.05 為差異有統計學意義。
2 結果
2.1 RNA 質量檢查結果
Thermo NanoDrop 2000 檢測 A260/280 分布于 1.93～2；Agilent 2100 檢測 RIN 分布于 9～9.5，并且 28S/18S 分布于 1.6～1.9。各檢測指標均符合芯片檢測質量要求，可以進行下游實驗；見表 1。
表1
RNA 質量檢查數據
2.2 芯片數據質量控制
探針表達信號值分布曲線圖展示了所有芯片探針表達值的分布情況，芯片在不同表達值區間探針個數的統計量用不同顏色的曲線表示。結果顯示信號值分布曲線重合度高，說明本次芯片實驗可靠性高，可以進行后續數據分析；見圖 1。
圖1
探針表達信號值分布曲線圖
2.3 芯片數據分析結果
對兩組樣本差異表達基因數進行統計，DDX46 基因在芯片中的表達顯著下調，差異倍數（fold change，FC）值=–4.092，LogFC=–2.033，P<0.001。依據 FC 絕對值≥2，并且 P<0.05，篩選出差異基因 1 006 個，其中表達下調基因 644 個、表達上調基因 362 個。綠色代表基因的信號值相對下調，黑色代表信號值適中，灰色代表信號值未檢出，紅色代表信號值相對上調；所有差異基因的信號值對所有基因進行層次聚類獲得左側樹狀結構，所有樣本的信號值對所有樣本進行層次聚類獲得上部樹狀結構；見圖 2。
圖2
DDX46 基因敲減后 TE-1 細胞差異表達基因聚類分析熱圖
每一縱列代表一個樣本，每一橫列代表一個基因，顏色由綠色到紅色代表表達豐度由低到高
2.4 生物信息學分析結果
2.4.1 差異基因的注釋和功能分析
通過 IPA 在線軟件進行生物信息學分析，結果顯示，差異基因主要涉及細胞周期、增殖、凋亡、黏附、能量代謝及免疫應答等生物學過程，與腫瘤細胞株死亡相關基因 33 個（APP、BBC3、BIK、CD44、CFH、DDIT3、DDX58、DPYD、EGF、EIF2S1、ERBB3、FGF2、IGF2、IGFBP3、IGFBP6、IL6ST、KL、LCN2、MAPK8、MDM4、NQO1、NRG1、OGG1、OSGIN1、PTGS2、RASD1、RHOB、RRM2、SCD、SLC7A11、TGM2、TXNRD1、WT1）；見圖 3。
圖3
與腫瘤細胞株死亡相關差異表達基因圖
2.4.2 差異基因共表達網絡的構建
對篩選出的差異基因進行共表達網絡構建，發現 Integrin、PI3K/Akt、NF-κB、mTOR、RhoGDI 信號通路在網絡中有共表達趨勢，PI3K 為重要節點分子；見圖 4。
圖4
預測的信號通路網絡圖
2.5 差異表達基因 qRT-PCR 驗證結果
對 CD44、DDIT3、ERBB3、FGF2、IL6ST 和 OGG1 基因進行 qRT-PCR 檢測，驗證芯片結果的可靠性。PCR 引物序列見表 2。經 qRT-PCR 檢測的上述 6 個基因的表達變化趨勢與芯片檢測結果完全符合；見圖 5。
表2
qRT-PCR 引物序列
圖5
差異表達基因 qRT-PCR 驗證結果
**
3 討論
研究[9]發現 mRNA 可能是全新的抗腫瘤藥物靶點。mRNA 在細胞核中轉錄形成，編輯后被轉運到細胞質中的蛋白質加工廠核糖體。RNA 解旋酶參與了 mRNA 生物學進程的所有環節[10-11]。DDX46 是 DEAD-box 蛋白家族 RNA 解旋酶成員，在 mRNA 前體剪接和核糖體組裝中發揮核心作用[12-13]。人 DDX46 基因位于 5q31.1 染色體，含 26 個外顯子，編碼的 DDX46 蛋白分子量為 131 kDa[14]。我們前期研究[5]發現 DDX46 蛋白主要定位于細胞核，食管鱗癌組織中 DDX46 蛋白的表達明顯高于相對應正常食管組織，敲減 DDX46 能顯著抑制食管鱗癌細胞增殖，并誘導細胞凋亡，提示 DDX46 表達上調可能參與食管鱗癌細胞的惡性生物學行為，然而其作用機制仍不清楚。
為闡明其可能的作用機制，我們應用全基因組芯片技術檢測 DDX46 基因敲減前后食管鱗癌 TE-1 細胞基因表達譜，生物信息學方法分析差異表達基因，IPA 在線工具進行信號通路富集分析，構建共表達網絡，發現差異表達基因分別屬于多個蛋白功能家族，Integrin、PI3K/Akt、NF-κB、mTOR、RhoGDI 信號通路在網絡中有共表達趨勢，PI3K 為重要節點分子。
IPA 經典通路分析顯示，敲減 DDX46 基因明顯抑制 Integrin 信號通路活性。Integrin 是細胞表面的主要黏附分子，提供了細胞外基質間與細胞骨架的生理連接。Integrin 通過其下游效應分子整合素連接激酶（ILK）發揮一系列細胞生物學功能，包括胚胎發育、細胞應激和凋亡等[15-16]，也參與了腫瘤的發生發展[17]、浸潤轉移[18]。已有研究[19]表明，ILK 激活 Integrin 信號通路依賴 PI3K 的活性。PI3K 可被細胞外信號激活，其活性與多種腫瘤的發生相關[20]。PI3K 被激活，PI3K/Akt 信號通路也因此而激活。Akt 作為 PI3K 下游的關鍵效應分子，可以磷酸化上百種不同底物，是細胞增殖、凋亡和自噬等信號通路的匯合點，在腫瘤發生中起重要作用[21]。NF-κB 是 PI3K/Akt 信號通路下游的重要效應分子，通常與抑制性蛋白 IκBα 等結合，以無活性的復合物存在于胞漿內，通過磷酸化引起 IκBα 自身降解，NF-κB 從無活性的復合物脫落釋放并進入細胞核，激活其下游靶基因[22-23]。mTOR 作為一種 PI3K 相關激酶，是 PI3K/Akt 信號通路下游的另一個重要效應蛋白，參與調控多種細胞生物學功能，包括轉錄、翻譯、細胞增殖、凋亡和自噬等[24]。已經證實 mTOR 信號通路在許多腫瘤中被持續激活，導致細胞異常增殖和凋亡失調[25-26]。我們的研究提示 RNAi 敲減 DDX46 基因可能是通過抑制 PI3K 的活化，進而抑制 ILK 的表達，與 PI3K/Akt 信號通路發生“cross talk”，參與下調 Integrin 信號通路，進而發揮抑制腫瘤細胞增殖的作用。
另外 IPA 經典通路分析還顯示，敲減 DDX46 基因可明顯激活 RhoGDI 信號通路。研究[27]發現 RhoGDI2 基因高表達能夠抑制膀胱癌浸潤和轉移，提示 RhoGDI2 是膀胱癌的轉移抑制基因。有學者[28]報道，PI3K 抑制劑 LY294002 和 mTOR 抑制劑 Rapamycin 聯用可顯著增加 RhoGDI2 蛋白的表達，從而抑制肺癌細胞的侵襲轉移；進一步研究發現，RhoGDI2 蛋白表達與 Akt 的活化密切相關，抑制 Akt 可顯著增加 RhoGDI2 表達，提示 RhoGDI 信號通路可能通過與 Akt 的相互作用參與調節肺癌的侵襲轉移。我們的研究提示，敲減 DDX46 基因通過抑制 PI3K 活性，下調 PI3K/Akt 信號通路，使 RhoGDI 信號通路活化，從而參與抑制食管鱗癌的遷移和侵襲。
綜上所述，DDX46 是 PI3K/Akt 信號通路中的一個關鍵調節分子，利用生物信息學方法有效挖掘了 DDX46 敲減后食管鱗癌基因芯片數據，為下一步實驗研究提供了有價值的線索。
利益沖突：無。
全球近 60% 的食管癌新發病例在中國，居我國惡性腫瘤死亡率第 4 位[1]。食管鱗癌占我國食管癌組織學類型的 90% 以上，部分患者確診時已是局部晚期或轉移性疾病，失去了根治手術的機會，遠期療效不容樂觀[1-2]。目前基因組事件導致食管鱗癌的發生機制仍不清楚，靶向治療的相關研究尚處于萌芽階段[3-4]。在前期研究[5]中，我們發現與正常食管組織相比，食管鱗癌組織中 DDX46 的表達明顯升高，敲減 DDX46 基因可顯著抑制食管鱗癌細胞增殖。然而，DDX46 參與食管鱗癌惡性生物學行為的調控機制有待進一步闡述。本研究通過基因芯片技術檢測 DDX46 敲減前后食管鱗癌 TE-1 細胞基因表達譜，利用生物信息學方法分析差異表達基因，為進一步研究 DDX46 參與食管鱗癌發生發展的分子機制，以及臨床治療尋找潛在的治療靶點提供參考。
1 材料與方法
1.1 主要試劑和材料
研究中所用試劑包括胎牛血清、1640 培養基（Lonza），SYBR Premix Ex Taq 試劑盒、PCR 擴增試劑盒（TaKaRa），DDX46 抗體、GAPDH 抗體（Sigma），RNA 提取試劑 Trizol、ds-cDNA 合成試劑盒（Invitrogen），LipofectAMINETM 2000 試劑（Santa Cruz），GeneChip? 3’ IVT Plus 試劑盒、GeneChip? Hybridization Wash and Stain 試劑盒（Affymetrix）。PCR 引物由廣州銳博生物科技有限公司設計制備。基因芯片為美國 Affymetrix 公司 Human U133 plus 2.0 全基因組表達譜芯片。
1.2 細胞培養及轉染
人食管鱗癌 TE-1 細胞株購于上海生命科學研究院細胞資源中心，置于 RPMI-1640 培養液、5%CO2、37℃ 培養箱內培養。DDX46 基因 shRNA 靶點序列：5’ -AGAAATCACCAGGCTCATA-3’ ，陰性對照序列參考文獻[6]報道。DDX46 基因慢病毒制備和包裝由吉凱基因公司完成。參考本實驗常用病毒轉染方法進行病毒轉染[7]。轉染 12 h 后更換為常規培養液繼續培養，觀察實驗組與對照組細胞狀態良好且相當；轉染 72 h 后采用熒光顯微鏡觀察綠色熒光蛋白的表達情況，熒光率即為細胞轉染率，轉染率達到 70% 以上者可繼續下游實驗。
1.3 樣品細胞總 RNA 抽提和探針制備
總 RNA 提取采用 Trizol 試劑，具體方法與步驟按 Invitrogen 公司說明書操作。所得總 RNA 的純度與完整性使用 Thermo NanoDrop 2000 紫外分光光度計和 Aglient 2100 生物分析儀檢測。質量控制標準：1.7<A260/280<2.2，RNA 的完整數（RIN）≥7.0，并且 28S/18S>0.7。質量檢驗合格后純化總 RNA。以 RNA 為模板，首先合成單鏈 cDNA，然后合成雙鏈 DNA 并純化，最后以雙鏈 DNA 為模板，通過體外反轉錄獲得帶生物素標簽的 aRNA，純化并片段化后與芯片雜交。
1.4 芯片雜交洗染和掃描
依據 Affymetrix 表達譜芯片配套提供的雜交流程和清洗染色試劑盒說明書進行雜交和芯片洗脫染色。采用GeneChip? Scanner 3000 進行掃描，AGCC 操作系統生成芯片掃描圖像和原始數據。
1.5 芯片數據可靠性驗證
隨機選取 6 個差異表達基因行實時定量聚合酶鏈式反應（qRT-PCR）檢測，驗證芯片數據的可靠性。用 Trizol 試劑充分裂解樣品細胞后提取總 RNA，按照 Promega 公司 M-MLV 操作說明書完成逆轉錄，然后進行 PCR 擴增反應。GAPDH 基因作為內參，2–ΔΔCt法計算目的基因 mRNA 的相對表達量（ΔCt=目的基因 Ct 值－內參基因 Ct 值；ΔΔCt=實驗組ΔCt 值－對照組ΔCt 平均值）。
1.6 統計學分析
芯片數據分析根據 Affymetrix 公司提供的標準流程應用 GCOSvL.4 軟件完成。差異表達基因的篩選符合以下條件：表達差異倍數的絕對值≥2，且 P<0.05。采用 Ingenuity Pathway Analysis（IPA，www.ingenuity.com）[8]在線軟件進行生物信息學分析，根據差異基因在已知信號通路中的富集情況進行共表達網絡構建。計量資料用均數±標準差（±s）表示，應用 IBM SPSS Statistics 19.0 統計軟件進行配對樣本 t 檢驗，率的比較采用 χ2 檢驗，P<0.05 為差異有統計學意義。
2 結果
2.1 RNA 質量檢查結果
Thermo NanoDrop 2000 檢測 A260/280 分布于 1.93～2；Agilent 2100 檢測 RIN 分布于 9～9.5，并且 28S/18S 分布于 1.6～1.9。各檢測指標均符合芯片檢測質量要求，可以進行下游實驗；見表 1。
表1
RNA 質量檢查數據
2.2 芯片數據質量控制
探針表達信號值分布曲線圖展示了所有芯片探針表達值的分布情況，芯片在不同表達值區間探針個數的統計量用不同顏色的曲線表示。結果顯示信號值分布曲線重合度高，說明本次芯片實驗可靠性高，可以進行后續數據分析；見圖 1。
圖1
探針表達信號值分布曲線圖
2.3 芯片數據分析結果
對兩組樣本差異表達基因數進行統計，DDX46 基因在芯片中的表達顯著下調，差異倍數（fold change，FC）值=–4.092，LogFC=–2.033，P<0.001。依據 FC 絕對值≥2，并且 P<0.05，篩選出差異基因 1 006 個，其中表達下調基因 644 個、表達上調基因 362 個。綠色代表基因的信號值相對下調，黑色代表信號值適中，灰色代表信號值未檢出，紅色代表信號值相對上調；所有差異基因的信號值對所有基因進行層次聚類獲得左側樹狀結構，所有樣本的信號值對所有樣本進行層次聚類獲得上部樹狀結構；見圖 2。
圖2
DDX46 基因敲減后 TE-1 細胞差異表達基因聚類分析熱圖
每一縱列代表一個樣本，每一橫列代表一個基因，顏色由綠色到紅色代表表達豐度由低到高
2.4 生物信息學分析結果
2.4.1 差異基因的注釋和功能分析
通過 IPA 在線軟件進行生物信息學分析，結果顯示，差異基因主要涉及細胞周期、增殖、凋亡、黏附、能量代謝及免疫應答等生物學過程，與腫瘤細胞株死亡相關基因 33 個（APP、BBC3、BIK、CD44、CFH、DDIT3、DDX58、DPYD、EGF、EIF2S1、ERBB3、FGF2、IGF2、IGFBP3、IGFBP6、IL6ST、KL、LCN2、MAPK8、MDM4、NQO1、NRG1、OGG1、OSGIN1、PTGS2、RASD1、RHOB、RRM2、SCD、SLC7A11、TGM2、TXNRD1、WT1）；見圖 3。
圖3
與腫瘤細胞株死亡相關差異表達基因圖
2.4.2 差異基因共表達網絡的構建
對篩選出的差異基因進行共表達網絡構建，發現 Integrin、PI3K/Akt、NF-κB、mTOR、RhoGDI 信號通路在網絡中有共表達趨勢，PI3K 為重要節點分子；見圖 4。
圖4
預測的信號通路網絡圖
2.5 差異表達基因 qRT-PCR 驗證結果
對 CD44、DDIT3、ERBB3、FGF2、IL6ST 和 OGG1 基因進行 qRT-PCR 檢測，驗證芯片結果的可靠性。PCR 引物序列見表 2。經 qRT-PCR 檢測的上述 6 個基因的表達變化趨勢與芯片檢測結果完全符合；見圖 5。
表2
qRT-PCR 引物序列
圖5
差異表達基因 qRT-PCR 驗證結果
**
3 討論
研究[9]發現 mRNA 可能是全新的抗腫瘤藥物靶點。mRNA 在細胞核中轉錄形成，編輯后被轉運到細胞質中的蛋白質加工廠核糖體。RNA 解旋酶參與了 mRNA 生物學進程的所有環節[10-11]。DDX46 是 DEAD-box 蛋白家族 RNA 解旋酶成員，在 mRNA 前體剪接和核糖體組裝中發揮核心作用[12-13]。人 DDX46 基因位于 5q31.1 染色體，含 26 個外顯子，編碼的 DDX46 蛋白分子量為 131 kDa[14]。我們前期研究[5]發現 DDX46 蛋白主要定位于細胞核，食管鱗癌組織中 DDX46 蛋白的表達明顯高于相對應正常食管組織，敲減 DDX46 能顯著抑制食管鱗癌細胞增殖，并誘導細胞凋亡，提示 DDX46 表達上調可能參與食管鱗癌細胞的惡性生物學行為，然而其作用機制仍不清楚。
為闡明其可能的作用機制，我們應用全基因組芯片技術檢測 DDX46 基因敲減前后食管鱗癌 TE-1 細胞基因表達譜，生物信息學方法分析差異表達基因，IPA 在線工具進行信號通路富集分析，構建共表達網絡，發現差異表達基因分別屬于多個蛋白功能家族，Integrin、PI3K/Akt、NF-κB、mTOR、RhoGDI 信號通路在網絡中有共表達趨勢，PI3K 為重要節點分子。
IPA 經典通路分析顯示，敲減 DDX46 基因明顯抑制 Integrin 信號通路活性。Integrin 是細胞表面的主要黏附分子，提供了細胞外基質間與細胞骨架的生理連接。Integrin 通過其下游效應分子整合素連接激酶（ILK）發揮一系列細胞生物學功能，包括胚胎發育、細胞應激和凋亡等[15-16]，也參與了腫瘤的發生發展[17]、浸潤轉移[18]。已有研究[19]表明，ILK 激活 Integrin 信號通路依賴 PI3K 的活性。PI3K 可被細胞外信號激活，其活性與多種腫瘤的發生相關[20]。PI3K 被激活，PI3K/Akt 信號通路也因此而激活。Akt 作為 PI3K 下游的關鍵效應分子，可以磷酸化上百種不同底物，是細胞增殖、凋亡和自噬等信號通路的匯合點，在腫瘤發生中起重要作用[21]。NF-κB 是 PI3K/Akt 信號通路下游的重要效應分子，通常與抑制性蛋白 IκBα 等結合，以無活性的復合物存在于胞漿內，通過磷酸化引起 IκBα 自身降解，NF-κB 從無活性的復合物脫落釋放并進入細胞核，激活其下游靶基因[22-23]。mTOR 作為一種 PI3K 相關激酶，是 PI3K/Akt 信號通路下游的另一個重要效應蛋白，參與調控多種細胞生物學功能，包括轉錄、翻譯、細胞增殖、凋亡和自噬等[24]。已經證實 mTOR 信號通路在許多腫瘤中被持續激活，導致細胞異常增殖和凋亡失調[25-26]。我們的研究提示 RNAi 敲減 DDX46 基因可能是通過抑制 PI3K 的活化，進而抑制 ILK 的表達，與 PI3K/Akt 信號通路發生“cross talk”，參與下調 Integrin 信號通路，進而發揮抑制腫瘤細胞增殖的作用。
另外 IPA 經典通路分析還顯示，敲減 DDX46 基因可明顯激活 RhoGDI 信號通路。研究[27]發現 RhoGDI2 基因高表達能夠抑制膀胱癌浸潤和轉移，提示 RhoGDI2 是膀胱癌的轉移抑制基因。有學者[28]報道，PI3K 抑制劑 LY294002 和 mTOR 抑制劑 Rapamycin 聯用可顯著增加 RhoGDI2 蛋白的表達，從而抑制肺癌細胞的侵襲轉移；進一步研究發現，RhoGDI2 蛋白表達與 Akt 的活化密切相關，抑制 Akt 可顯著增加 RhoGDI2 表達，提示 RhoGDI 信號通路可能通過與 Akt 的相互作用參與調節肺癌的侵襲轉移。我們的研究提示，敲減 DDX46 基因通過抑制 PI3K 活性，下調 PI3K/Akt 信號通路，使 RhoGDI 信號通路活化，從而參與抑制食管鱗癌的遷移和侵襲。
綜上所述，DDX46 是 PI3K/Akt 信號通路中的一個關鍵調節分子，利用生物信息學方法有效挖掘了 DDX46 敲減后食管鱗癌基因芯片數據，為下一步實驗研究提供了有價值的線索。
利益沖突：無。
