引用本文: 幸嶸, 孔清泉, 項舟, 楊婧, 羅靜聰, 鄧力, 解慧琪. 小鼠干細胞成骨和成軟骨分化特異性微小RNA的初步研究. 中國修復重建外科雜志, 2014, 28(8): 1009-1016. doi: 10.7507/1002-1892.20140222 復制
微小RNA(microRNA,miRNA)是真核生物中一類長度為19~23個核苷酸的小分子非編碼RNA,其對靶基因的調控表現在轉錄后水平上,通過對靶基因mRNA的切割或對其翻譯抑制這兩種機制來下調靶基因的表達。研究表明,miRNA參與調控生物發育、細胞分化、增殖、凋亡和代謝多種功能,全基因組miRNA水平檢測表明,miRNA水平和種類在正常發育和各種疾患中改變明顯[1-3]。而在干細胞定向分化過程中,常發現有組織特異性miRNA表達增加,而干細胞/前體細胞特異性miRNA表達減少,均提示miRNA在維持細胞分化狀態中可能起重要作用[4-6]。轉錄因子直接調控從DNA到mRNA的轉錄過程,這種調控與mRNA濃度有直接關系,且轉錄因子處于信號通路的最底端,整個信號通路決定轉錄因子激活與否。而miRNA的靶基因通常屬于調控信號通路中的基因,能夠影響轉錄因子的效力,并進一步影響轉錄因子所調控基因的表達水平,導致其最終作用效果呈級聯放大[7]。所以miRNA對于信號通路、轉錄因子以及轉錄因子所調控的基因表達均有重要影響,對miRNA的研究也成為當前科研熱點之一。目前通過miRNA基因芯片技術可以測定細胞的miRNA表達譜,為尋找調控細胞分化的特異性miRNA奠定了技術基礎。
本實驗通過對C3H10T1/2標準細胞系進行成骨和成軟骨分化培養,在此基礎上采用miRNA基因芯片技術,分別測定C3H10T1/2細胞及其誘導分化成骨和成軟骨后的細胞miRNA表達譜,對比篩選出2倍變化幅度且平均標準化信號值> 2的差異miRNA;再針對篩選出的miRNA進行實時熒光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR)驗證,為下一步篩選合適的miRNA進行功能驗證和靶基因研究奠定基礎。
1 材料與方法
1.1 主要試劑及儀器
C3H10T1/2細胞系(上海中國科學院細胞庫);谷氨酰胺、DMEM培養基、青霉素、鏈霉素(HyClone公司,美國);胰蛋白酶(Amresco公司,美國);FBS(GIBCO公司,美國);EDTA(Invitrogen公司,美國);胰島素-轉鐵蛋白-硒(insulin-transferrin-selenium,ITS)、地塞米松、維生素C、β-甘油磷酸鈉、DMSO、茜素紅、對硝基苯磷酸二鈉(disodium 4-nitrophenyl phosphate,pNPP)、ALP染色試劑、ALP定量試劑、鈣定量試劑盒、阿利辛藍(Sigma公司,美國);TGF-β1(PeproTech公司,美國);Percoll細胞分離液(GE公司,美國);細胞凋亡檢測試劑盒(BD公司,美國);SYBR Green試劑(Takara公司,日本)。
miRNA芯片(Agilent公司,美國);YU2200型超凈工作臺(Jouan公司,法國);CO2培養箱(SANYO公司,日本);倒置顯微鏡(Olympus公司,日本);iQTM5 RT-qPCR儀、Western blot儀、Quantity one 軟件(Bio-Rad公司,美國)。Agilent Mouse miRNA 芯片、GENESPRING12.5軟件、Agilent掃描儀、Feature Extraction軟件(Agilent公司,美國)。
1.2 C3H10T1/2細胞培養及傳代
取C3H10T1/2細胞系,用完全培養液(含10%FBS、50 U/mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素的H-DMEM)于37℃、5%CO2培養箱中培養。當細胞生長至90%~95%融合時,吸棄培養基,PBS清洗2次,0.25%胰蛋白酶-0.1%EDTA 37℃消化1 min;輕輕拍打培養皿至細胞全部浮起,加入適量完全培養液終止反應,用移液器反復抽吸,室溫以300 × g離心5 min收集細胞,棄上清,加入完全培養液重懸細胞,按1∶3比例接種于培養皿中傳代。光鏡下觀察細胞形態變化。取第3代細胞進行成骨和成軟骨誘導分化。
1.3 成骨誘導分化相關檢測
1.3.1 成骨誘導分化
取第3代C3H10T1/2細胞以3 000個/cm2密度接種于12孔板,每組以完全培養液繼續培養。當細胞生長至80%~85%融合時,將實驗分為2組,對照組更換為對照培養基(含10%FBS、50 U/mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素的H-DMEM),成骨誘導組更換為成骨誘導培養基(含10%FBS、50 U/ mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素、100 nmol/L地塞米松、10 mmol/L β-甘油磷酸鈉、50 μmol/L維生素C的H-DMEM),每2天換液1次。光鏡下觀察細胞生長情況。
1.3.2 ALP定量檢測
成骨誘導7 d,采用pNPP法行ALP定量檢測。吸棄兩組培養基,用冰預冷的PBS清洗細胞2次,將細胞刮入PBS中,室溫以300 × g離心5 min收集細胞,棄上清,用300~500 μL ddH2O重懸細胞。將細胞懸液置于- 80℃ 30 min,37℃水浴5 min,反復凍融3次。之后4℃以12 000 × g離心30 min,轉移上清備用。將50 μL pNPP儲備液、100 μL二乙醇胺和50 μL待測蛋白樣品混合,37℃水浴30 min后加入200 μL 3 mol/L NaOH終止反應;取出200 μL于96孔板中,用酶標儀于405 nm波長處測定吸光度(A)值。實驗重復3次,取均值。
1.3.3 茜素紅染色
成骨誘導21 d,吸出培養液后,PBS清洗2次,4%多聚甲醛-PBS固定20 min;吸棄固定液后,PBS清洗5 min × 3次;加入1.4%茜素紅(pH4.2)染色20 min;PBS漂洗2次,光鏡下觀察。
1.3.4 RT-qPCR檢測成骨分化相關基因表達
成骨誘導0、7、14、21 d ,RT-qPCR檢測成骨誘導組成骨相關基因Runx2、絲氨酸蛋白酶7(serine protease 7,Sp7)、Ⅰ型膠原、骨橋蛋白(osteopontin,OPN)的表達。引物序列:Runx2上游5'-GACTGTGGTTACCGTCATGGC-3',下游5'-ACTTGGTTTTTCATAACAGCGGA-3';Sp7上游5'-ACCCCAAGATGTCTATAAGCCC-3',下游5'-CG-CTCTAGCTCCTGACAGTTG-3';Ⅰ型膠原上游5'-CT-GGCGGTTCAGGTCCAAT-3',下游5'-TTCCAGGCAA-TCCACGAGC-3';OPN上游5'-AGAGCGGTGAGTCT-AAGGAGT-3',下游5'-TGCCCTTTCCGTTGTTGTCC-3';GAPDH上游5'-TGGCCTTCCGTGTTCCTAC-3',下游5’-GAGTTGCTGTTGAAGTCGCA-3'。反應體系:引物各0.2 μL,SYBR 5 μL,cDNA 0.3 μL,ddH2O 4.5 μL。反應條件:95℃變性10 s,95℃、10 s,60℃、30 s,40個循環;進入熔解曲線檢測步驟,95℃、10 s,60℃、10 s,40℃、30 s。以GAPDH作為內參,按照2-ΔΔCt方法計算各目的基因mRNA相對表達量。實驗重復3次,取均值。
1.3.5 Western
blot檢測成骨分化相關蛋白表達成骨誘導21 d,采用Western blot檢測成骨誘導組和對照組成骨相關蛋白Runx2、Sp7、Ⅰ型膠原、OPN的表達。采用BCA法測定所提取總蛋白質濃度,以提取的蛋白質樣品各30 μg進行SDS-PAGE電泳。轉膜,封閉,先后孵育一抗和二抗,洗膜后暗室內顯影。通過X線片上不同免疫印跡條帶的強弱觀察目的蛋白表達變化趨勢,用Quantity one 軟件讀取條帶灰度值。實驗重復3 次,取均值。
1.4 成軟骨誘導分化相關檢測
1.4.1 成軟骨誘導分化
使用Micromass法進行成軟骨誘導。取第3代C3H10T1/2細胞,用0.25%胰蛋白酶-0.1%EDTA 37℃消化1 min,以離心半徑10 cm、1 000 r/min離心3 min,收集細胞。加入完全培養液重懸細胞,調整濃度至1 ×107個/mL。按10 μL/滴將高密度細胞懸液接種于12孔板內,每組設3個復孔。置于37℃、5%CO2培養箱內培養3 h后,將實驗分為兩組,成軟骨誘導組更換為成軟骨誘導培養基(含10%FBS、50 U/mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素、1%ITS、40 μg/mL脯氨酸、100 nmol/L地塞米松、50 μg/mL維生素C、10 ng/mL TGF-β1的H-DMEM);對照組更換為對照培養基(含10%FBS、50 U/ mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素及與成軟骨誘導培養液等量的DMSO的H-DMEM);每2天換液1次。光鏡下觀察細胞生長情況。
1.4.2 阿利新藍染色
成軟骨誘導0、5、10、15 d,對成軟骨誘導組行阿利新藍染色。吸棄培養液,PBS清洗2次,4%多聚甲醛-PBS固定20 min;吸棄固定液,PBS清洗5 min × 3次;加入阿利新藍染液染色10 min;PBS漂洗2次,光鏡下觀察。
1.4.3 RT-qPCR檢測成軟骨分化相關基因表達
成軟骨誘導0、5、10、15 d,采用RT-qPCR檢測成軟骨誘導組成軟骨相關基因SOX9、Ⅱ型膠原、蛋白多糖(Aggrecan)、透明質酸合成酶(Has2)的表達。引物序列: SOX9上游5'-CGGAACAGACTCACATCTCTCC-3',下游5'-GCTTGCACGTCGGTTTTGG-3';Ⅱ型膠原上游5'-CCTCAAGGCAAAGTTGGTCCT-3',下游5'-C-TCCCGTCTCACCGTCTTTT-3';Has2上游5'-TGAAC-AAAACGGTAGCACTCTG-3',下游5'-ACTTTAATCC-CAGGGTAGGTCAG-3';Aggrecan上游5'-ATTTCCA-CACGCTACACCCTG-3',下游5'-TGGATGGGGTATC-TGACTGTC-3';其余步驟同1.3.4方法。
1.4.4 Western
blot檢測成軟骨分化相關蛋白表達成軟骨誘導15 d,Western blot檢測成軟骨誘導組和對照組成軟骨分化相關蛋白SOX9、Ⅱ型膠原、Aggrecan、Has2的表達。實驗步驟同1.3.5。
1.5 篩選及驗證成骨和成軟骨分化過程中的差異miRNAs
分別收集第3代C3H10T1/2細胞(A組)及C3H10T1/2細胞成軟骨誘導分化完成后的細胞(B組)和成骨誘導分化完成后的細胞(C組),每組3個樣本。吸棄培養基,加入少量PBS洗滌1次;吸棄PBS,加入適量Trizol試劑,用移液器進行反復吹打,使細胞充分裂解。然后采用miRNA基因芯片進行檢測。所用芯片為Agilent Mouse miRNA芯片,每個標本使用1張芯片。Agilent掃描儀中選擇相應參數(掃描面積71.0 mm × 21.6 mm,激發波長532 nm和633 nm)掃描,Feature Extraction軟件讀取數據并進行分析,最后應用GENESPRING12.5軟件進行分位數標準化。對比3 組細胞的miRNA表達譜,篩選出在3組內兩兩比較有差異表達的miRNA。對上述篩選得到的備選miRNA進行合并去重,并選取2倍變化幅度、平均標準化信號值> 2的差異miRNA進行RT-qPCR驗證。所得RT-qPCR結果中所有數據均以A組為1作均一化處理,為相對表達量。
1.6 統計學方法
采用SPSS13.0統計軟件進行分析。數據以均數±標準差表示,各時間點間比較采用單因素方差分析,兩兩比較采用SNK檢驗;兩組間比較采用t檢驗;檢驗水準α=0.05。
2 結果
2.1 成骨誘導分化相關檢測
2.1.1 細胞形態學觀察
成骨誘導過程中細胞呈長梭形,形態變化不明顯;隨誘導時間延長,可見較低透光性區域,為鈣結節形成區域(圖 1)。

2.1.2 ALP定量檢測
成骨誘導7 d,對照組ALP表達量極低,為0.18 ± 0.02;成骨誘導組ALP表達量為0.71 ± 0.17,顯著高于對照組,差異有統計學意義(F=29.550,P=0.006)。
2.1.3 茜素紅染色
成骨誘導21 d,成骨誘導組茜素紅染色陽性,成骨效果明顯(圖 2)。
2.1.4 RT-qPCR檢測
成骨誘導7、14、21 d,Runx2、Sp7、Ⅰ型膠原及OPN mRNA相對表達量均顯著高于誘導0 d時,差異均有統計學意義(P< 0.05);除Runx2 mRNA相對表達量14、21 d與7 d比較,以及OPN mRNA相對表達量21 d與14 d比較差異無統計學意義(P> 0.05)外,其余各目的基因各時間點間比較差異均有統計學意義(P< 0.05)。見圖 3。
2.1.5 Western
blot檢測成骨誘導21 d,成骨誘導組Runx2、Sp7、Ⅰ型膠原及OPN蛋白表達量分別為0.35 ± 0.03、0.33 ± 0.03、0.64 ± 0.09、0.24 ± 0.02,均顯著高于對照組的0.16 ± 0.02、0.16 ± 0.05、0.37 ± 0.02、 0.08 ± 0.01,差異均有統計學意義(P< 0.05)。見圖 4。
2.2 成軟骨誘導分化相關檢測
2.2.1 細胞形態學觀察
成軟骨誘導分化過程中,隨誘導時間延長,軟骨團塊逐漸增大(圖 5)。
2.2.2 阿利辛藍染色
隨誘導時間延長,軟骨團塊逐漸增大,阿利辛藍染色逐漸加深,成軟骨效果逐漸增強(圖 6)。
2.2.3 RT-qPCR檢測
成軟骨誘導5 d,SOX9和Aggrecan mRNA相對表達量高于誘導0 d時,差異有統計學意義(P< 0.05);但Ⅱ型膠原和Has2 mRNA相對表達量與0 d時比較差異無統計學意義(P> 0.05)。成軟骨誘導10、15 d,各目的基因mRNA相對表達量均高于0 d時,差異有統計學意義(P< 0.05)。除SOX9、Ⅱ型膠原、Has2 mRNA相對表達量15 d和10 d比較差異無統計學意義(P> 0.05)外,其余各目的基因各時間點間比較差異均有統計學意義(P< 0.05)。見圖 7。
2.2.4 Western
blot檢測成軟骨誘導15 d,成軟骨誘導組SOX9、Ⅱ型膠原、Aggrecan、Has2蛋白表達量分別為0.37 ± 0.01、0.39 ± 0.04、0.18 ± 0.03、0.34 ± 0.04,均顯著高于對照組的0.18 ± 0.04、0.23 ± 0.02、0.05 ± 0.01、0.13 ± 0.03,差異均有統計學意義(P< 0.05)。見圖 8。

2.3 miRNA芯片篩選及驗證
A、C組間,A、B組間以及B、C組間分別有3、47、74個差異表達變化倍數> 2的miRNA;篩選出2 倍變化幅度且平均標準化信號值> 2的差異miRNA,A、B組有3個,A、C組有10個,見表 1、2。


各組之間篩選出來的差異miRNA 行 RT-qPCR 驗證,只有A、B組中篩選出的miR-455-3p存在不一致,其RT-qPCR結果在A、B組間變化程度明顯弱于其芯片結果。其余差異miRNA的RT-qPCR驗證結果在其組間變化趨勢與其芯片結果較為一致。見圖 9。

3 討論
目前已知MSCs分化為軟骨細胞并進一步分化為成骨細胞有2條通路:① MSCs→軟骨細胞→肥大軟骨細胞→成骨細胞;② MSCs→成纖維細胞→軟骨細胞→成骨細胞分化(軟骨內骨化)。近年來隨著對miRNA研究的逐漸增多,對MSCs分化為成骨或成軟骨細胞的特異miRNA篩選也成為可能。很多研究發現[8-10],每個miRNA可作用于一個或多個靶基因,也可同時產生抑制和/或促進作用,每個miRNA的靶基因之間也有可能出現重復的靶基因,證明靶基因的作用可能不是由單個miRNA決定,而是受多個miRNA影響。研究發現,同一個miRNA在細胞分化不同時期所起作用也不盡相同,如miRNA-29b在成骨分化初期為負性調控作用,促進成骨細胞分化,而在成骨分化礦化期起正性調控作用[8]。
C3H10T1/2細胞是小鼠的一種MSCs,具有多向分化潛能[11-13]。本研究通過將小鼠C3H10T1/2細胞誘導分化為成骨和成軟骨細胞,對分化前后細胞進行miRNA芯片檢測,篩選尋找在這兩種分化方向中起關鍵作用的miRNA,為進一步研究尋找成骨和成軟骨分化調控機制,并通過對特異miRNA表達的調節促進或阻止成骨和成軟骨分化奠定理論基礎。
3.1 miRNA在成骨分化中的調控作用
研究表明[9-10, 14-19],在成骨分化過程中,Wnt、BMP、TGF-β是關鍵信號通路。目前有不少研究表明,一些miRNA能通過對不同靶基因作用以及激活不同的信號傳導通路,在成骨分化過程中起調控作用。如經典Wnt 信號通路被認為是MSCs成骨分化中非常重要的調控機制,研究發現miR-29a可通過抑制Wnt信號通路的負性調控基因Dkk1、Kremen2和sFRP2表達,促進細胞成骨分化[9];此外,Wnt信號表達又可促進miR-29a表達。因此miR-29a和經典Wnt信號通路之間形成了一個正反饋循環,使得miR-29a-Wnt信號通路能更有效促進成骨分化[14]。此外有研究發現miR-335-5p可通過抑制Dkk1提高糖原合成酶激酶-3β磷酸化和增加β-連環蛋白的轉錄活性,進而加強Wnt信號通路[15]。同樣BMP信號通路對于MSCs的成骨分化也具有關鍵作用。Runx2基因在成骨細胞中有著重要作用,可促進膠原蛋白、骨涎蛋白、骨鈣素、OPN等基因的表達,而BMP可以刺激P300介導的Runx2乙酰化,從而上調Runx2的基因表達,同時又抑制Smurf1介導的Runx2下調作用[16]。因此miRNA、BMP和Runx2共同組成了調控細胞成骨分化信號網絡的關鍵部分[17]。已有研究發現一些特定miRNA在成骨分化中起關鍵作用。研究表明miR-20b可通過激活成骨分化中的關鍵轉錄因子Runx2以及抑制PPARγ、Bambi和Crim1等基因表達,最終增強BMP信號通路,誘導成骨分化[10]。miR-125b也可通過調節細胞增殖來阻止BMP-4誘導成骨細胞分化[18]。研究表明TGF-β3可抑制成骨分化,同時miR-29b可阻止TGF-β3對成骨分化的抑制,最終促進細胞成骨分化[8]。此外miR-210也可通過對TGF-β1受體活性的抑制而促進成骨分化[19]。
3.2 miRNA在成軟骨分化中的調控作用
組蛋白去乙酰化酶在非肥大分化的軟骨細胞中特異表達,它通過抑制Runx2以調控軟骨細胞肥大分化。許多研究表明[20-21],miR-140可以阻止組蛋白去乙酰化酶的表達,從而消除其對Runx2的抑制作用,最終造成軟骨細胞肥大分化。而miR-199a通過直接作用于Smad1轉錄因子,抑制細胞早期的軟骨分化[22]。也有學者發現miR-18a和miR-488調節軟骨分化的啟動子和基質金屬蛋白酶2附和激活子CCN2,從而影響細胞軟骨分化過程[23-24]。有研究人員通過基因芯片技術和熒光素酶檢測發現,miR-145可直接作用其靶基因SOX9,對細胞成軟骨分化起負性調節[25],也有報道發現miR-145能下調Runx2表達[26]。研究發現miR-199通過對Smad1轉錄因子的調控從而影響C3H10T1/2細胞軟骨分化過程[22]。有學者通過對雞的MSCs miRNA表達譜分析,發現miR-221能夠促進軟骨細胞增殖[27],也有研究發現miR-221能夠明顯增加軟骨細胞增殖和軟骨特異性基質合成[28]。近年來,很多針對骨關節炎的研究也發現了一些miRNA在軟骨退變導致骨關節炎過程起重要調控作用。如miR-146a在關節軟骨表面的軟骨細胞中大量表達,而在輕度骨關節炎患者關節軟骨中也有大量表達,并且隨軟骨退變加重其表達降低[29];可能是因為miR-146a下調IRAK1和TRAF6的表達,進而使基質金屬蛋白酶13表達受阻。最近也有學者發現[30],LEF-1基因是調控軟骨正常分化和成熟的關鍵因素,而miR-449a能直接與之結合,導致Sox9基因表達減少,繼而阻止細胞的軟骨分化。
本實驗成功將小鼠C3H10T1/2細胞誘導分化為成骨和成軟骨細胞,并通過miRNA芯片技術篩選出變化幅度超過2倍且平均標準化信號值> 2的miRNA,其中成骨分化的差異miRNAs有10個,包括miR-27a-3p、miR-27b-3p、miR-26a-5p、miR-322-5p、miR-19b-3p、miR-99a-5p、miR-20a-5p、miR-15b-5p、miR-3096b-3p、miR-92a-3p。miR-27已被證實可通過直接作用于靶基因APC,造成β-連環蛋白的積累,最終激活Wnt信號通路,促進 hFOB1.19細胞成骨分化[31]。也有研究發現[32],miR-26a可通過抑制其靶基因Smad1的表達,從而抑制脂肪來源干細胞的成骨分化。其他miRNA目前尚無研究發現與細胞成骨分化相關,但其中一些miRNA與細胞其他活動相關。如miR-15b通過去靶基因Bcl-2及半胱天冬信號通路,可能在細胞凋亡過程中起關鍵作用[33]。也有研究發現miR-19b抑制其靶細胞轉錄因子NeuroD1的表達,進而調節胰島β細胞功能及其分化過程[34]。篩選出成軟骨分化的差異miRNA有3個,包括miR-3102-5p、miR-455-3p、miR-5126。有研究發現miR-455-3p可能是骨關節炎發病機制中的關鍵因素,它通過抑制TGF-β信號造成關節出現骨關節炎變化[35]。其他兩個miRNA未見其功能報道。
本實驗篩選出的差異miRNA有部分已被證實其功能與細胞成骨或成軟骨分化相關,驗證了本實驗篩選的準確性。但由于細胞種類不同或分化方法不同,其中更多的是功能未證實的全新miRNA,下一步研究可對RT-qPCR驗證成功的miRNA進行功能驗證和靶基因研究,尤其是對無相關功能報道的miRNA進一步研究,以驗證這些miRNA在成骨和成軟骨分化中的作用。
微小RNA(microRNA,miRNA)是真核生物中一類長度為19~23個核苷酸的小分子非編碼RNA,其對靶基因的調控表現在轉錄后水平上,通過對靶基因mRNA的切割或對其翻譯抑制這兩種機制來下調靶基因的表達。研究表明,miRNA參與調控生物發育、細胞分化、增殖、凋亡和代謝多種功能,全基因組miRNA水平檢測表明,miRNA水平和種類在正常發育和各種疾患中改變明顯[1-3]。而在干細胞定向分化過程中,常發現有組織特異性miRNA表達增加,而干細胞/前體細胞特異性miRNA表達減少,均提示miRNA在維持細胞分化狀態中可能起重要作用[4-6]。轉錄因子直接調控從DNA到mRNA的轉錄過程,這種調控與mRNA濃度有直接關系,且轉錄因子處于信號通路的最底端,整個信號通路決定轉錄因子激活與否。而miRNA的靶基因通常屬于調控信號通路中的基因,能夠影響轉錄因子的效力,并進一步影響轉錄因子所調控基因的表達水平,導致其最終作用效果呈級聯放大[7]。所以miRNA對于信號通路、轉錄因子以及轉錄因子所調控的基因表達均有重要影響,對miRNA的研究也成為當前科研熱點之一。目前通過miRNA基因芯片技術可以測定細胞的miRNA表達譜,為尋找調控細胞分化的特異性miRNA奠定了技術基礎。
本實驗通過對C3H10T1/2標準細胞系進行成骨和成軟骨分化培養,在此基礎上采用miRNA基因芯片技術,分別測定C3H10T1/2細胞及其誘導分化成骨和成軟骨后的細胞miRNA表達譜,對比篩選出2倍變化幅度且平均標準化信號值> 2的差異miRNA;再針對篩選出的miRNA進行實時熒光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR)驗證,為下一步篩選合適的miRNA進行功能驗證和靶基因研究奠定基礎。
1 材料與方法
1.1 主要試劑及儀器
C3H10T1/2細胞系(上海中國科學院細胞庫);谷氨酰胺、DMEM培養基、青霉素、鏈霉素(HyClone公司,美國);胰蛋白酶(Amresco公司,美國);FBS(GIBCO公司,美國);EDTA(Invitrogen公司,美國);胰島素-轉鐵蛋白-硒(insulin-transferrin-selenium,ITS)、地塞米松、維生素C、β-甘油磷酸鈉、DMSO、茜素紅、對硝基苯磷酸二鈉(disodium 4-nitrophenyl phosphate,pNPP)、ALP染色試劑、ALP定量試劑、鈣定量試劑盒、阿利辛藍(Sigma公司,美國);TGF-β1(PeproTech公司,美國);Percoll細胞分離液(GE公司,美國);細胞凋亡檢測試劑盒(BD公司,美國);SYBR Green試劑(Takara公司,日本)。
miRNA芯片(Agilent公司,美國);YU2200型超凈工作臺(Jouan公司,法國);CO2培養箱(SANYO公司,日本);倒置顯微鏡(Olympus公司,日本);iQTM5 RT-qPCR儀、Western blot儀、Quantity one 軟件(Bio-Rad公司,美國)。Agilent Mouse miRNA 芯片、GENESPRING12.5軟件、Agilent掃描儀、Feature Extraction軟件(Agilent公司,美國)。
1.2 C3H10T1/2細胞培養及傳代
取C3H10T1/2細胞系,用完全培養液(含10%FBS、50 U/mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素的H-DMEM)于37℃、5%CO2培養箱中培養。當細胞生長至90%~95%融合時,吸棄培養基,PBS清洗2次,0.25%胰蛋白酶-0.1%EDTA 37℃消化1 min;輕輕拍打培養皿至細胞全部浮起,加入適量完全培養液終止反應,用移液器反復抽吸,室溫以300 × g離心5 min收集細胞,棄上清,加入完全培養液重懸細胞,按1∶3比例接種于培養皿中傳代。光鏡下觀察細胞形態變化。取第3代細胞進行成骨和成軟骨誘導分化。
1.3 成骨誘導分化相關檢測
1.3.1 成骨誘導分化
取第3代C3H10T1/2細胞以3 000個/cm2密度接種于12孔板,每組以完全培養液繼續培養。當細胞生長至80%~85%融合時,將實驗分為2組,對照組更換為對照培養基(含10%FBS、50 U/mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素的H-DMEM),成骨誘導組更換為成骨誘導培養基(含10%FBS、50 U/ mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素、100 nmol/L地塞米松、10 mmol/L β-甘油磷酸鈉、50 μmol/L維生素C的H-DMEM),每2天換液1次。光鏡下觀察細胞生長情況。
1.3.2 ALP定量檢測
成骨誘導7 d,采用pNPP法行ALP定量檢測。吸棄兩組培養基,用冰預冷的PBS清洗細胞2次,將細胞刮入PBS中,室溫以300 × g離心5 min收集細胞,棄上清,用300~500 μL ddH2O重懸細胞。將細胞懸液置于- 80℃ 30 min,37℃水浴5 min,反復凍融3次。之后4℃以12 000 × g離心30 min,轉移上清備用。將50 μL pNPP儲備液、100 μL二乙醇胺和50 μL待測蛋白樣品混合,37℃水浴30 min后加入200 μL 3 mol/L NaOH終止反應;取出200 μL于96孔板中,用酶標儀于405 nm波長處測定吸光度(A)值。實驗重復3次,取均值。
1.3.3 茜素紅染色
成骨誘導21 d,吸出培養液后,PBS清洗2次,4%多聚甲醛-PBS固定20 min;吸棄固定液后,PBS清洗5 min × 3次;加入1.4%茜素紅(pH4.2)染色20 min;PBS漂洗2次,光鏡下觀察。
1.3.4 RT-qPCR檢測成骨分化相關基因表達
成骨誘導0、7、14、21 d ,RT-qPCR檢測成骨誘導組成骨相關基因Runx2、絲氨酸蛋白酶7(serine protease 7,Sp7)、Ⅰ型膠原、骨橋蛋白(osteopontin,OPN)的表達。引物序列:Runx2上游5'-GACTGTGGTTACCGTCATGGC-3',下游5'-ACTTGGTTTTTCATAACAGCGGA-3';Sp7上游5'-ACCCCAAGATGTCTATAAGCCC-3',下游5'-CG-CTCTAGCTCCTGACAGTTG-3';Ⅰ型膠原上游5'-CT-GGCGGTTCAGGTCCAAT-3',下游5'-TTCCAGGCAA-TCCACGAGC-3';OPN上游5'-AGAGCGGTGAGTCT-AAGGAGT-3',下游5'-TGCCCTTTCCGTTGTTGTCC-3';GAPDH上游5'-TGGCCTTCCGTGTTCCTAC-3',下游5’-GAGTTGCTGTTGAAGTCGCA-3'。反應體系:引物各0.2 μL,SYBR 5 μL,cDNA 0.3 μL,ddH2O 4.5 μL。反應條件:95℃變性10 s,95℃、10 s,60℃、30 s,40個循環;進入熔解曲線檢測步驟,95℃、10 s,60℃、10 s,40℃、30 s。以GAPDH作為內參,按照2-ΔΔCt方法計算各目的基因mRNA相對表達量。實驗重復3次,取均值。
1.3.5 Western
blot檢測成骨分化相關蛋白表達成骨誘導21 d,采用Western blot檢測成骨誘導組和對照組成骨相關蛋白Runx2、Sp7、Ⅰ型膠原、OPN的表達。采用BCA法測定所提取總蛋白質濃度,以提取的蛋白質樣品各30 μg進行SDS-PAGE電泳。轉膜,封閉,先后孵育一抗和二抗,洗膜后暗室內顯影。通過X線片上不同免疫印跡條帶的強弱觀察目的蛋白表達變化趨勢,用Quantity one 軟件讀取條帶灰度值。實驗重復3 次,取均值。
1.4 成軟骨誘導分化相關檢測
1.4.1 成軟骨誘導分化
使用Micromass法進行成軟骨誘導。取第3代C3H10T1/2細胞,用0.25%胰蛋白酶-0.1%EDTA 37℃消化1 min,以離心半徑10 cm、1 000 r/min離心3 min,收集細胞。加入完全培養液重懸細胞,調整濃度至1 ×107個/mL。按10 μL/滴將高密度細胞懸液接種于12孔板內,每組設3個復孔。置于37℃、5%CO2培養箱內培養3 h后,將實驗分為兩組,成軟骨誘導組更換為成軟骨誘導培養基(含10%FBS、50 U/mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素、1%ITS、40 μg/mL脯氨酸、100 nmol/L地塞米松、50 μg/mL維生素C、10 ng/mL TGF-β1的H-DMEM);對照組更換為對照培養基(含10%FBS、50 U/ mL青霉素、50 mg/mL鏈霉素及與成軟骨誘導培養液等量的DMSO的H-DMEM);每2天換液1次。光鏡下觀察細胞生長情況。
1.4.2 阿利新藍染色
成軟骨誘導0、5、10、15 d,對成軟骨誘導組行阿利新藍染色。吸棄培養液,PBS清洗2次,4%多聚甲醛-PBS固定20 min;吸棄固定液,PBS清洗5 min × 3次;加入阿利新藍染液染色10 min;PBS漂洗2次,光鏡下觀察。
1.4.3 RT-qPCR檢測成軟骨分化相關基因表達
成軟骨誘導0、5、10、15 d,采用RT-qPCR檢測成軟骨誘導組成軟骨相關基因SOX9、Ⅱ型膠原、蛋白多糖(Aggrecan)、透明質酸合成酶(Has2)的表達。引物序列: SOX9上游5'-CGGAACAGACTCACATCTCTCC-3',下游5'-GCTTGCACGTCGGTTTTGG-3';Ⅱ型膠原上游5'-CCTCAAGGCAAAGTTGGTCCT-3',下游5'-C-TCCCGTCTCACCGTCTTTT-3';Has2上游5'-TGAAC-AAAACGGTAGCACTCTG-3',下游5'-ACTTTAATCC-CAGGGTAGGTCAG-3';Aggrecan上游5'-ATTTCCA-CACGCTACACCCTG-3',下游5'-TGGATGGGGTATC-TGACTGTC-3';其余步驟同1.3.4方法。
1.4.4 Western
blot檢測成軟骨分化相關蛋白表達成軟骨誘導15 d,Western blot檢測成軟骨誘導組和對照組成軟骨分化相關蛋白SOX9、Ⅱ型膠原、Aggrecan、Has2的表達。實驗步驟同1.3.5。
1.5 篩選及驗證成骨和成軟骨分化過程中的差異miRNAs
分別收集第3代C3H10T1/2細胞(A組)及C3H10T1/2細胞成軟骨誘導分化完成后的細胞(B組)和成骨誘導分化完成后的細胞(C組),每組3個樣本。吸棄培養基,加入少量PBS洗滌1次;吸棄PBS,加入適量Trizol試劑,用移液器進行反復吹打,使細胞充分裂解。然后采用miRNA基因芯片進行檢測。所用芯片為Agilent Mouse miRNA芯片,每個標本使用1張芯片。Agilent掃描儀中選擇相應參數(掃描面積71.0 mm × 21.6 mm,激發波長532 nm和633 nm)掃描,Feature Extraction軟件讀取數據并進行分析,最后應用GENESPRING12.5軟件進行分位數標準化。對比3 組細胞的miRNA表達譜,篩選出在3組內兩兩比較有差異表達的miRNA。對上述篩選得到的備選miRNA進行合并去重,并選取2倍變化幅度、平均標準化信號值> 2的差異miRNA進行RT-qPCR驗證。所得RT-qPCR結果中所有數據均以A組為1作均一化處理,為相對表達量。
1.6 統計學方法
采用SPSS13.0統計軟件進行分析。數據以均數±標準差表示,各時間點間比較采用單因素方差分析,兩兩比較采用SNK檢驗;兩組間比較采用t檢驗;檢驗水準α=0.05。
2 結果
2.1 成骨誘導分化相關檢測
2.1.1 細胞形態學觀察
成骨誘導過程中細胞呈長梭形,形態變化不明顯;隨誘導時間延長,可見較低透光性區域,為鈣結節形成區域(圖 1)。

2.1.2 ALP定量檢測
成骨誘導7 d,對照組ALP表達量極低,為0.18 ± 0.02;成骨誘導組ALP表達量為0.71 ± 0.17,顯著高于對照組,差異有統計學意義(F=29.550,P=0.006)。
2.1.3 茜素紅染色
成骨誘導21 d,成骨誘導組茜素紅染色陽性,成骨效果明顯(圖 2)。
2.1.4 RT-qPCR檢測
成骨誘導7、14、21 d,Runx2、Sp7、Ⅰ型膠原及OPN mRNA相對表達量均顯著高于誘導0 d時,差異均有統計學意義(P< 0.05);除Runx2 mRNA相對表達量14、21 d與7 d比較,以及OPN mRNA相對表達量21 d與14 d比較差異無統計學意義(P> 0.05)外,其余各目的基因各時間點間比較差異均有統計學意義(P< 0.05)。見圖 3。
2.1.5 Western
blot檢測成骨誘導21 d,成骨誘導組Runx2、Sp7、Ⅰ型膠原及OPN蛋白表達量分別為0.35 ± 0.03、0.33 ± 0.03、0.64 ± 0.09、0.24 ± 0.02,均顯著高于對照組的0.16 ± 0.02、0.16 ± 0.05、0.37 ± 0.02、 0.08 ± 0.01,差異均有統計學意義(P< 0.05)。見圖 4。
2.2 成軟骨誘導分化相關檢測
2.2.1 細胞形態學觀察
成軟骨誘導分化過程中,隨誘導時間延長,軟骨團塊逐漸增大(圖 5)。
2.2.2 阿利辛藍染色
隨誘導時間延長,軟骨團塊逐漸增大,阿利辛藍染色逐漸加深,成軟骨效果逐漸增強(圖 6)。
2.2.3 RT-qPCR檢測
成軟骨誘導5 d,SOX9和Aggrecan mRNA相對表達量高于誘導0 d時,差異有統計學意義(P< 0.05);但Ⅱ型膠原和Has2 mRNA相對表達量與0 d時比較差異無統計學意義(P> 0.05)。成軟骨誘導10、15 d,各目的基因mRNA相對表達量均高于0 d時,差異有統計學意義(P< 0.05)。除SOX9、Ⅱ型膠原、Has2 mRNA相對表達量15 d和10 d比較差異無統計學意義(P> 0.05)外,其余各目的基因各時間點間比較差異均有統計學意義(P< 0.05)。見圖 7。
2.2.4 Western
blot檢測成軟骨誘導15 d,成軟骨誘導組SOX9、Ⅱ型膠原、Aggrecan、Has2蛋白表達量分別為0.37 ± 0.01、0.39 ± 0.04、0.18 ± 0.03、0.34 ± 0.04,均顯著高于對照組的0.18 ± 0.04、0.23 ± 0.02、0.05 ± 0.01、0.13 ± 0.03,差異均有統計學意義(P< 0.05)。見圖 8。

2.3 miRNA芯片篩選及驗證
A、C組間,A、B組間以及B、C組間分別有3、47、74個差異表達變化倍數> 2的miRNA;篩選出2 倍變化幅度且平均標準化信號值> 2的差異miRNA,A、B組有3個,A、C組有10個,見表 1、2。


各組之間篩選出來的差異miRNA 行 RT-qPCR 驗證,只有A、B組中篩選出的miR-455-3p存在不一致,其RT-qPCR結果在A、B組間變化程度明顯弱于其芯片結果。其余差異miRNA的RT-qPCR驗證結果在其組間變化趨勢與其芯片結果較為一致。見圖 9。

3 討論
目前已知MSCs分化為軟骨細胞并進一步分化為成骨細胞有2條通路:① MSCs→軟骨細胞→肥大軟骨細胞→成骨細胞;② MSCs→成纖維細胞→軟骨細胞→成骨細胞分化(軟骨內骨化)。近年來隨著對miRNA研究的逐漸增多,對MSCs分化為成骨或成軟骨細胞的特異miRNA篩選也成為可能。很多研究發現[8-10],每個miRNA可作用于一個或多個靶基因,也可同時產生抑制和/或促進作用,每個miRNA的靶基因之間也有可能出現重復的靶基因,證明靶基因的作用可能不是由單個miRNA決定,而是受多個miRNA影響。研究發現,同一個miRNA在細胞分化不同時期所起作用也不盡相同,如miRNA-29b在成骨分化初期為負性調控作用,促進成骨細胞分化,而在成骨分化礦化期起正性調控作用[8]。
C3H10T1/2細胞是小鼠的一種MSCs,具有多向分化潛能[11-13]。本研究通過將小鼠C3H10T1/2細胞誘導分化為成骨和成軟骨細胞,對分化前后細胞進行miRNA芯片檢測,篩選尋找在這兩種分化方向中起關鍵作用的miRNA,為進一步研究尋找成骨和成軟骨分化調控機制,并通過對特異miRNA表達的調節促進或阻止成骨和成軟骨分化奠定理論基礎。
3.1 miRNA在成骨分化中的調控作用
研究表明[9-10, 14-19],在成骨分化過程中,Wnt、BMP、TGF-β是關鍵信號通路。目前有不少研究表明,一些miRNA能通過對不同靶基因作用以及激活不同的信號傳導通路,在成骨分化過程中起調控作用。如經典Wnt 信號通路被認為是MSCs成骨分化中非常重要的調控機制,研究發現miR-29a可通過抑制Wnt信號通路的負性調控基因Dkk1、Kremen2和sFRP2表達,促進細胞成骨分化[9];此外,Wnt信號表達又可促進miR-29a表達。因此miR-29a和經典Wnt信號通路之間形成了一個正反饋循環,使得miR-29a-Wnt信號通路能更有效促進成骨分化[14]。此外有研究發現miR-335-5p可通過抑制Dkk1提高糖原合成酶激酶-3β磷酸化和增加β-連環蛋白的轉錄活性,進而加強Wnt信號通路[15]。同樣BMP信號通路對于MSCs的成骨分化也具有關鍵作用。Runx2基因在成骨細胞中有著重要作用,可促進膠原蛋白、骨涎蛋白、骨鈣素、OPN等基因的表達,而BMP可以刺激P300介導的Runx2乙酰化,從而上調Runx2的基因表達,同時又抑制Smurf1介導的Runx2下調作用[16]。因此miRNA、BMP和Runx2共同組成了調控細胞成骨分化信號網絡的關鍵部分[17]。已有研究發現一些特定miRNA在成骨分化中起關鍵作用。研究表明miR-20b可通過激活成骨分化中的關鍵轉錄因子Runx2以及抑制PPARγ、Bambi和Crim1等基因表達,最終增強BMP信號通路,誘導成骨分化[10]。miR-125b也可通過調節細胞增殖來阻止BMP-4誘導成骨細胞分化[18]。研究表明TGF-β3可抑制成骨分化,同時miR-29b可阻止TGF-β3對成骨分化的抑制,最終促進細胞成骨分化[8]。此外miR-210也可通過對TGF-β1受體活性的抑制而促進成骨分化[19]。
3.2 miRNA在成軟骨分化中的調控作用
組蛋白去乙酰化酶在非肥大分化的軟骨細胞中特異表達,它通過抑制Runx2以調控軟骨細胞肥大分化。許多研究表明[20-21],miR-140可以阻止組蛋白去乙酰化酶的表達,從而消除其對Runx2的抑制作用,最終造成軟骨細胞肥大分化。而miR-199a通過直接作用于Smad1轉錄因子,抑制細胞早期的軟骨分化[22]。也有學者發現miR-18a和miR-488調節軟骨分化的啟動子和基質金屬蛋白酶2附和激活子CCN2,從而影響細胞軟骨分化過程[23-24]。有研究人員通過基因芯片技術和熒光素酶檢測發現,miR-145可直接作用其靶基因SOX9,對細胞成軟骨分化起負性調節[25],也有報道發現miR-145能下調Runx2表達[26]。研究發現miR-199通過對Smad1轉錄因子的調控從而影響C3H10T1/2細胞軟骨分化過程[22]。有學者通過對雞的MSCs miRNA表達譜分析,發現miR-221能夠促進軟骨細胞增殖[27],也有研究發現miR-221能夠明顯增加軟骨細胞增殖和軟骨特異性基質合成[28]。近年來,很多針對骨關節炎的研究也發現了一些miRNA在軟骨退變導致骨關節炎過程起重要調控作用。如miR-146a在關節軟骨表面的軟骨細胞中大量表達,而在輕度骨關節炎患者關節軟骨中也有大量表達,并且隨軟骨退變加重其表達降低[29];可能是因為miR-146a下調IRAK1和TRAF6的表達,進而使基質金屬蛋白酶13表達受阻。最近也有學者發現[30],LEF-1基因是調控軟骨正常分化和成熟的關鍵因素,而miR-449a能直接與之結合,導致Sox9基因表達減少,繼而阻止細胞的軟骨分化。
本實驗成功將小鼠C3H10T1/2細胞誘導分化為成骨和成軟骨細胞,并通過miRNA芯片技術篩選出變化幅度超過2倍且平均標準化信號值> 2的miRNA,其中成骨分化的差異miRNAs有10個,包括miR-27a-3p、miR-27b-3p、miR-26a-5p、miR-322-5p、miR-19b-3p、miR-99a-5p、miR-20a-5p、miR-15b-5p、miR-3096b-3p、miR-92a-3p。miR-27已被證實可通過直接作用于靶基因APC,造成β-連環蛋白的積累,最終激活Wnt信號通路,促進 hFOB1.19細胞成骨分化[31]。也有研究發現[32],miR-26a可通過抑制其靶基因Smad1的表達,從而抑制脂肪來源干細胞的成骨分化。其他miRNA目前尚無研究發現與細胞成骨分化相關,但其中一些miRNA與細胞其他活動相關。如miR-15b通過去靶基因Bcl-2及半胱天冬信號通路,可能在細胞凋亡過程中起關鍵作用[33]。也有研究發現miR-19b抑制其靶細胞轉錄因子NeuroD1的表達,進而調節胰島β細胞功能及其分化過程[34]。篩選出成軟骨分化的差異miRNA有3個,包括miR-3102-5p、miR-455-3p、miR-5126。有研究發現miR-455-3p可能是骨關節炎發病機制中的關鍵因素,它通過抑制TGF-β信號造成關節出現骨關節炎變化[35]。其他兩個miRNA未見其功能報道。
本實驗篩選出的差異miRNA有部分已被證實其功能與細胞成骨或成軟骨分化相關,驗證了本實驗篩選的準確性。但由于細胞種類不同或分化方法不同,其中更多的是功能未證實的全新miRNA,下一步研究可對RT-qPCR驗證成功的miRNA進行功能驗證和靶基因研究,尤其是對無相關功能報道的miRNA進一步研究,以驗證這些miRNA在成骨和成軟骨分化中的作用。