引用本文： 高曄, 李菲, 孫小富, 杜子賢, 張海艷. 宏基因組二代測序協助診斷重癥鸚鵡熱衣原體肺炎伴急性呼吸窘迫綜合征一例. 華西醫學, 2022, 37(8): 1273-1277. doi: 10.7507/1002-0179.202206014 復制
病例介紹 患者，女，56 歲，工人（從事新鮮鴨肉抽真空打包工作），既往體健，否認吸煙史。患者因咳嗽、咳痰、呼吸困難、發熱 2 周，加重伴喉間痰鳴 1 周于 2021 年 11 月 23 日 16:30 入住綿陽市中醫醫院呼吸內科（普通病房）。患者 2 周前開始出現咳嗽、咳痰，發熱，體溫在 38℃左右，有呼吸困難、呼吸急促，伴畏寒、全身乏力，至私人診所口服藥物、鎮中心衛生院輸液治療（具體用藥不詳），癥狀未見好轉。1 周前感呼吸困難較前加重，伴喉間痰鳴，咳嗽、痰多，發熱，測體溫 39℃。再次至鎮中心衛生院就診，行胸部 X 線片檢查示：雙肺肺炎，以右肺更甚（圖1a）。建議上級醫院就診。故至我院發熱門診就診，發熱門診測體溫為 39.3℃，測氧飽和度 67%。查血常規：白細胞計數 5.95×109/L、中性粒細胞百分比 84.9%、血小板計數 40×109/L。C 反應蛋白 287.93 mg/L。新型冠狀病毒核酸檢測陰性。為進一步診治，發熱門診以“發熱、肺部感染、呼吸衰竭”收入住院。入院時體格檢查：體溫 39.6℃，脈率 129 次/min，呼吸頻率 30 次/ min，血壓 112/64 mm Hg（1 mm Hg=0.133 kPa），脈搏氧飽和度 72%。神志清楚，呼吸急促、困難，呼吸頻率快，口唇紫紺，雙肺呼吸音粗，喉間、肺部均可聞及明顯痰鳴音，心率 129 次/ min，律齊。查血氣分析：動脈血氧分壓 53 mm Hg、動脈血氧飽和度 84%（吸氧 5 L/min），氧合指數 129 mm Hg。給予心電監護，無創呼吸機輔助通氣［雙水平正壓通氣、吸氣壓力 15 cm H2O（1 cm H2O=0.098 kPa）、呼氣壓力 5 cm H2O、氧流量 15 L/min］，給予莫西沙星氯化鈉注射液 0.4 g、1 次/d、靜脈滴注，抽取血培養、退熱、補液治療。患者氧飽和度難以上升，一直波動在 77%～80%左右。故立即于當日 18:30 轉至重癥監護室（intensive care unit，ICU）。ICU 輔助檢查：血常規：白細胞計數 4.51×109/L、中性粒細胞百分比 85.1%、血小板計數 27×109/L，C 反應蛋白 220 mg/L，血沉 101 mm/h，降鈣素原 4.42 ng/mL，肝功能：谷丙轉氨酶 231 U/L、谷草轉氨酶 528 U/L、人血白蛋白 20.7 g/L、乳酸脫氫酶 1 147 U/L，腎功能、血糖、血脂：正常，電解質：血鉀 3.23 mmol/L、血鈉 134.3 mmol/L、血鈣 1.75 mmol/L，B 型利鈉肽正常，肌鈣蛋白Ⅰ 105 ng/L，心肌酶譜：谷草轉氨酶 509 U/L、乳酸脫氫酶 1 126 U/L、磷酸肌酸激酶 5 395 U/L、磷酸肌酸激酶同工酶 84.6 U/L、血清α-羥丁酸脫氫酶 928.4 U/L，凝血：凝血酶原時間 13.5 s、國際標準化比值 1.24、纖維蛋白原 5.41 g/L、D-二聚體 4.44 mg/L、纖維蛋白降解產物 13.4 μg/mL；血氣分析：動脈血氧分壓 47 mm Hg，血乳酸 0.9 mmol/L；腹部超聲、心臟超聲：未見異常；尿常規：潛血 3+、紅細胞 21/μL、蛋白質 2+；術前八項：無異常；血型 A 型 Rh 陽性。給予心電監護，氣管插管、有創機械通氣，抗菌藥物方案調整（ICU 第 1 天）為：哌拉西林他唑巴坦鈉 4.5 g、每 8 小時 1 次、靜脈滴注，莫西沙星 0.4 g、1 次/d、靜脈滴注，奧司他韋膠囊 75 mg 每 12 小時 1 次、鼻飼。 2021 年 11 月 24 日（ICU 第 2 天）行床旁支氣管肺泡灌洗：患者術前停止鼻飼 4 h，檢查氣囊，維持囊壓在 25～30 cm H2O，吸痰管先清除氣管導管內分泌物，再清除口鼻腔分泌物。2%鹽酸利多卡因 5 mL 局部霧化吸入，同時鎮靜鎮痛，調整呼吸機氧濃度為 100%。穿無菌隔離衣，戴無菌手套，鋪無菌治療巾，取支氣管鏡，經氣管插管內進入右肺中葉，0.9%無菌生理鹽水用注射器經支氣管鏡操作孔分次快速注入，每次注入 20 mL，總共注入 100 mL，負壓吸引回收支氣管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF）約 40 mL（呈血性，見圖1b）。BALF 標本外送宏基因組二代測序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）檢測，同時送本院細菌、真菌涂片、抗酸染色，細菌培養、真菌培養+藥敏鑒定。同時 2021 年 11 月 24 日復查床旁胸部 X 線片，較 2021 年 11 月 23 日表現加重（圖1c），將抗菌藥物方案升級（ICU 第 2 天）：美羅培南 1 g、每 8 小時 1 次、靜脈滴注，莫西沙星、奧司他韋不變。2021 年 11 月 25 日患者行胸部 CT 示：雙肺廣泛感染伴大片實變，可見少量胸腔積液、心包積液（圖2）。2021 年 11 月 26 日患者 BALF 細菌涂片、真菌涂片、抗酸染色、細菌培養、真菌培養：無陽性結果。血清肺炎支原體和肺炎衣原體抗體、甲型流感病毒和乙型流感病毒抗原篩查、血培養：均為陰性。BALF-mNGS 回示（ICU 第 4 天）：鸚鵡熱衣原體。屬為革蘭陰性菌，屬名衣原體屬，相對豐度 92.4%，序列數 1 649。種名鸚鵡熱衣原體，鑒定置信度 99%，序列數 1 121（圖3）。抗菌藥物方案調整：停美羅培南、奧司他韋，保留莫西沙星，增加米諾環素膠囊 100 mg、每 12 小時 1 次、鼻飼（首次劑量 200 mg）。期間持續有創機械通氣、設立合適的模式、參數、潮氣量，給予俯臥位通氣、設立合適的呼氣末正壓、氧濃度，使用激素（甲潑尼龍：2021 年 11 月 24 日開始 40 mg、每 8 小時 1 次、靜脈滴注、連續 3 d，2021 年 11 月 27 日 40 mg、1 次/d、靜脈滴注、連續 2 d 即停用）、管控液體出入量、利尿劑的使用。同時化痰、痰液引流、營養支持、預防應激性潰瘍、輸入血小板、血漿、紅細胞懸液、補充白蛋白、維持水電解質紊亂、保肝降酶、留置尿管、胃管、鎖骨下中心靜脈置管、監測中心靜脈壓、維持血壓（去甲腎上腺素）、退熱、預防深靜脈血栓、支持治療。1 周后患者體溫正常，氧合指數好轉，各項指標均逐漸恢復，2021 年 11 月 30 日（ICU 第 8 天）順利拔管撤機。2021 年 12 月 1 日轉入呼吸內科普通病房，同時復查胸部 CT（圖4），繼續維持莫西沙星抗感染共 10 d，米諾環素膠囊服用共 23 d。住院共 16 d 后患者于 2021 年 12 月 9 日順利出院，出院后 2021 年 12 月 23 日復查胸部 CT 示雙肺廣泛滲出、實變灶明顯吸收，少量心包積液、胸腔積液完全吸收（圖5）。
圖1
患者胸部 X 線片和 BALF 彩色像
a. 2021 年 11 月 23 日胸部 X 線片；b. 2021 年 11 月 24 日 BALF 彩色像；c. 2021 年 11 月 24 日床旁胸部 X 線片
圖2
患者 2021 年 11 月 25 日胸部 CT 像
a～d. 橫斷位；e. 冠狀位。雙肺廣泛感染伴大片實變，可見少量胸腔積液、心包積液
圖3
患者基因組覆蓋度圖
圖4
患者 2021 年 12 月 1 日復查胸部 CT 像
a～d. 橫斷位；e. 冠狀位。雙肺實變較前次片稍有吸收
圖5
患者 2021 年 12 月 23 日復查胸部 CT 像
a～d. 橫斷位；e. 冠狀位。雙肺廣泛滲出、實變灶明顯吸收，少量心包積液、胸腔積液完全吸收
討論 社區獲得性肺炎（community-acquired pneumonia，CAP）是指醫院外罹患的感染性肺實質炎癥[1]。CAP 的病原學診斷和目標性抗感染治療是每一個臨床醫生的迫切愿望，尤其是對于重癥 CAP 患者，其起病急，進展快，病原體復雜，病死率高，危及患者生病。研究表明，ICU 中重癥 CAP 患者病死率為 23%～47%[2-5]。及時、精準、正確的抗感染治療，是成功救治重癥 CAP 的關鍵。但病原學的正確診斷無論在國內醫院，還是國外醫院均是難題。由于致病微生物種類繁多，且存在新發、未知、耐藥，加之標本送檢前經驗性抗菌藥物的濫用、送檢標本污染、個別細菌培養時間長與分離困難，及各級醫院微生物實驗室的配備不同等，導致病原學診斷更是難上加難。
mNGS 是無偏倚快速檢測病原菌核酸序列的新型分子診斷技術，無需培養基增菌，可同時檢測多達上萬種病原體，無需事先了解預期的病原體，能夠檢測大量微生物，擁有辨新、海量篩查的優勢。而且 mNGS 從取樣、核酸提取及建庫到測序、生信分析及報告，整個過程僅需 48 h，對于生長緩慢的細菌如諾卡菌、非結核分枝桿菌、結核或者苛氧菌、厭氧菌等均可有效檢出。mNGS 名聲大噪起于 2014 年報道的 1 例先后使用 38 項感染病原檢測項目，且使用 5 種抗菌藥物均無效果的不明原因的腦膜炎，后使用 mNGS 明確病原體為鉤端螺旋體，改用青霉素治療，患者即獲救[6]。2019 年 12 月以來，影響全世界的新型冠狀病毒肺炎亦是使用 mNGS 技術迅速從患者 BALF 中檢出新型冠狀病毒而確診[7-8]。鈕月英等[9]分析比較 56 例下呼吸道感染的患者，發現肺泡灌洗液 mNGS 檢測可顯著提高下呼吸道感染患者病原體檢出率（69.4% vs. 25%），特別是對病毒、真菌及特殊病原體，且不受性別、年齡、吸煙、臨床癥狀、宿主，及行 mNGS 前住院天數、使用激素、抗菌藥物和影像學改變、實驗室檢查的影響，在下呼吸道感染的診斷及治療中有很高的臨床應用價值。有研究亦研究發現 mNGS 相對于常規檢測手段，病原體陽性檢出率更高［82.14%（115/140）vs. 35.71%（50/140），P<0.05］，尤其是對于混合性肺部感染是一種很有價值的工具[10]。
本例重癥 CAP 患者感染的病原體為鸚鵡熱衣原體。鸚鵡熱衣原體首次分離發現自鸚鵡，故而得名[11]，臨床感染此菌比較少見。本病的診斷雖然可以依據患者病禽類接觸史，但其確診仍然依賴于實驗室檢查從呼吸道分泌物中分離出致病菌。但鸚鵡熱衣原體屬于衣原體屬中的一種，屬于專性細胞內致病原，其普通細菌培養檢出率低，必須采用細胞培養技術才能進行體外分離，細胞培養耗時，技術復雜，對實驗室生物安全等級要求高，無法常規開展，一般不建議用于臨床診斷[12-13]。血清特異性抗體檢測對于早期診斷價值低，一般只作為回顧性診斷[12-13]。本例患者常規送檢血清肺炎衣原體、支原體特異性抗體，以及痰、血、BALF 涂片加培養均未發現陽性結果。因此，鸚鵡熱衣原體肺炎的發病率可能因臨床表現非特異性和缺乏確證檢測方法而被低估，而 mNGS 的使用增加了診斷為鸚鵡熱衣原體肺炎的患者數量，是一種有效診斷鸚鵡熱衣原體肺炎的方法[14]。近年來，關于鸚鵡熱衣原體肺炎的個案報道[15-17]逐漸增多，其中不乏引起腦膜炎的患者[18-19]，均依賴于 mNG 確診而痊愈。對于重癥鸚鵡熱肺炎，9 例患者中的 8 例[20]、13 例患者中的 11 例[21]完全康復，也依賴于 mNGS 診斷鸚鵡熱肺炎的準確性，及 48～72 h 內可獲得結果，減少診斷延誤，即便是重癥鸚鵡熱肺炎對及時使用適當的抗菌藥物也反應良好，且縮短病程[22]。在 CAP 中，mNGS 檢出病原菌陽性率中包括細菌（55%）、真菌（18%）、特殊病原體（18%）和病毒（9%），最多的病原體是鸚鵡熱衣原體；且研究發現，在病原體陽性病例中，26%的病原菌并未被經驗性抗菌藥物所覆蓋，因此大部分患者需進行了抗菌藥物調整[23]。
本例患者入院時臨床即判定為重癥肺炎、合并呼吸衰竭、急性呼吸窘迫綜合征，病情危重，轉至 ICU。然而在到達 ICU 的初期，因病原學診斷不明確，病情危重，不得不經驗性選擇“廣覆蓋”的抗菌藥物方案。因此，在送檢傳統實驗室檢測的同時送檢了 BALF 的 mNGS 檢測，快速（入院第 4 天）的明確了感染病原體為鸚鵡熱衣原體，盡早的實現了目標性抗感染治療，停止“廣覆蓋”的抗菌藥物方案，調整為目標性的莫西沙星聯合米諾環素方案，促進抗菌藥物的合理使用，實現了感染性疾病的精準治療，患者臨床癥狀、氧合指數迅速改善，1 周內即成功脫機，成功救治了患者。綜上所述，mNGS 可明顯提高病原學診斷的陽性率，尤其是對于危急重癥肺部感染時，可盡早將 mNGS 與其他檢測同時送檢，將 mNGS 作為重癥肺炎病原體診斷的重要組成和補充，盡早獲取病原學診斷，早期實現精準治療，為挽救患者生命贏得先機。
利益沖突：所有作者聲明不存在利益沖突。
病例介紹 患者，女，56 歲，工人（從事新鮮鴨肉抽真空打包工作），既往體健，否認吸煙史。患者因咳嗽、咳痰、呼吸困難、發熱 2 周，加重伴喉間痰鳴 1 周于 2021 年 11 月 23 日 16:30 入住綿陽市中醫醫院呼吸內科（普通病房）。患者 2 周前開始出現咳嗽、咳痰，發熱，體溫在 38℃左右，有呼吸困難、呼吸急促，伴畏寒、全身乏力，至私人診所口服藥物、鎮中心衛生院輸液治療（具體用藥不詳），癥狀未見好轉。1 周前感呼吸困難較前加重，伴喉間痰鳴，咳嗽、痰多，發熱，測體溫 39℃。再次至鎮中心衛生院就診，行胸部 X 線片檢查示：雙肺肺炎，以右肺更甚（圖1a）。建議上級醫院就診。故至我院發熱門診就診，發熱門診測體溫為 39.3℃，測氧飽和度 67%。查血常規：白細胞計數 5.95×109/L、中性粒細胞百分比 84.9%、血小板計數 40×109/L。C 反應蛋白 287.93 mg/L。新型冠狀病毒核酸檢測陰性。為進一步診治，發熱門診以“發熱、肺部感染、呼吸衰竭”收入住院。入院時體格檢查：體溫 39.6℃，脈率 129 次/min，呼吸頻率 30 次/ min，血壓 112/64 mm Hg（1 mm Hg=0.133 kPa），脈搏氧飽和度 72%。神志清楚，呼吸急促、困難，呼吸頻率快，口唇紫紺，雙肺呼吸音粗，喉間、肺部均可聞及明顯痰鳴音，心率 129 次/ min，律齊。查血氣分析：動脈血氧分壓 53 mm Hg、動脈血氧飽和度 84%（吸氧 5 L/min），氧合指數 129 mm Hg。給予心電監護，無創呼吸機輔助通氣［雙水平正壓通氣、吸氣壓力 15 cm H2O（1 cm H2O=0.098 kPa）、呼氣壓力 5 cm H2O、氧流量 15 L/min］，給予莫西沙星氯化鈉注射液 0.4 g、1 次/d、靜脈滴注，抽取血培養、退熱、補液治療。患者氧飽和度難以上升，一直波動在 77%～80%左右。故立即于當日 18:30 轉至重癥監護室（intensive care unit，ICU）。ICU 輔助檢查：血常規：白細胞計數 4.51×109/L、中性粒細胞百分比 85.1%、血小板計數 27×109/L，C 反應蛋白 220 mg/L，血沉 101 mm/h，降鈣素原 4.42 ng/mL，肝功能：谷丙轉氨酶 231 U/L、谷草轉氨酶 528 U/L、人血白蛋白 20.7 g/L、乳酸脫氫酶 1 147 U/L，腎功能、血糖、血脂：正常，電解質：血鉀 3.23 mmol/L、血鈉 134.3 mmol/L、血鈣 1.75 mmol/L，B 型利鈉肽正常，肌鈣蛋白Ⅰ 105 ng/L，心肌酶譜：谷草轉氨酶 509 U/L、乳酸脫氫酶 1 126 U/L、磷酸肌酸激酶 5 395 U/L、磷酸肌酸激酶同工酶 84.6 U/L、血清α-羥丁酸脫氫酶 928.4 U/L，凝血：凝血酶原時間 13.5 s、國際標準化比值 1.24、纖維蛋白原 5.41 g/L、D-二聚體 4.44 mg/L、纖維蛋白降解產物 13.4 μg/mL；血氣分析：動脈血氧分壓 47 mm Hg，血乳酸 0.9 mmol/L；腹部超聲、心臟超聲：未見異常；尿常規：潛血 3+、紅細胞 21/μL、蛋白質 2+；術前八項：無異常；血型 A 型 Rh 陽性。給予心電監護，氣管插管、有創機械通氣，抗菌藥物方案調整（ICU 第 1 天）為：哌拉西林他唑巴坦鈉 4.5 g、每 8 小時 1 次、靜脈滴注，莫西沙星 0.4 g、1 次/d、靜脈滴注，奧司他韋膠囊 75 mg 每 12 小時 1 次、鼻飼。 2021 年 11 月 24 日（ICU 第 2 天）行床旁支氣管肺泡灌洗：患者術前停止鼻飼 4 h，檢查氣囊，維持囊壓在 25～30 cm H2O，吸痰管先清除氣管導管內分泌物，再清除口鼻腔分泌物。2%鹽酸利多卡因 5 mL 局部霧化吸入，同時鎮靜鎮痛，調整呼吸機氧濃度為 100%。穿無菌隔離衣，戴無菌手套，鋪無菌治療巾，取支氣管鏡，經氣管插管內進入右肺中葉，0.9%無菌生理鹽水用注射器經支氣管鏡操作孔分次快速注入，每次注入 20 mL，總共注入 100 mL，負壓吸引回收支氣管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF）約 40 mL（呈血性，見圖1b）。BALF 標本外送宏基因組二代測序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）檢測，同時送本院細菌、真菌涂片、抗酸染色，細菌培養、真菌培養+藥敏鑒定。同時 2021 年 11 月 24 日復查床旁胸部 X 線片，較 2021 年 11 月 23 日表現加重（圖1c），將抗菌藥物方案升級（ICU 第 2 天）：美羅培南 1 g、每 8 小時 1 次、靜脈滴注，莫西沙星、奧司他韋不變。2021 年 11 月 25 日患者行胸部 CT 示：雙肺廣泛感染伴大片實變，可見少量胸腔積液、心包積液（圖2）。2021 年 11 月 26 日患者 BALF 細菌涂片、真菌涂片、抗酸染色、細菌培養、真菌培養：無陽性結果。血清肺炎支原體和肺炎衣原體抗體、甲型流感病毒和乙型流感病毒抗原篩查、血培養：均為陰性。BALF-mNGS 回示（ICU 第 4 天）：鸚鵡熱衣原體。屬為革蘭陰性菌，屬名衣原體屬，相對豐度 92.4%，序列數 1 649。種名鸚鵡熱衣原體，鑒定置信度 99%，序列數 1 121（圖3）。抗菌藥物方案調整：停美羅培南、奧司他韋，保留莫西沙星，增加米諾環素膠囊 100 mg、每 12 小時 1 次、鼻飼（首次劑量 200 mg）。期間持續有創機械通氣、設立合適的模式、參數、潮氣量，給予俯臥位通氣、設立合適的呼氣末正壓、氧濃度，使用激素（甲潑尼龍：2021 年 11 月 24 日開始 40 mg、每 8 小時 1 次、靜脈滴注、連續 3 d，2021 年 11 月 27 日 40 mg、1 次/d、靜脈滴注、連續 2 d 即停用）、管控液體出入量、利尿劑的使用。同時化痰、痰液引流、營養支持、預防應激性潰瘍、輸入血小板、血漿、紅細胞懸液、補充白蛋白、維持水電解質紊亂、保肝降酶、留置尿管、胃管、鎖骨下中心靜脈置管、監測中心靜脈壓、維持血壓（去甲腎上腺素）、退熱、預防深靜脈血栓、支持治療。1 周后患者體溫正常，氧合指數好轉，各項指標均逐漸恢復，2021 年 11 月 30 日（ICU 第 8 天）順利拔管撤機。2021 年 12 月 1 日轉入呼吸內科普通病房，同時復查胸部 CT（圖4），繼續維持莫西沙星抗感染共 10 d，米諾環素膠囊服用共 23 d。住院共 16 d 后患者于 2021 年 12 月 9 日順利出院，出院后 2021 年 12 月 23 日復查胸部 CT 示雙肺廣泛滲出、實變灶明顯吸收，少量心包積液、胸腔積液完全吸收（圖5）。
圖1
患者胸部 X 線片和 BALF 彩色像
a. 2021 年 11 月 23 日胸部 X 線片；b. 2021 年 11 月 24 日 BALF 彩色像；c. 2021 年 11 月 24 日床旁胸部 X 線片
圖2
患者 2021 年 11 月 25 日胸部 CT 像
a～d. 橫斷位；e. 冠狀位。雙肺廣泛感染伴大片實變，可見少量胸腔積液、心包積液
圖3
患者基因組覆蓋度圖
圖4
患者 2021 年 12 月 1 日復查胸部 CT 像
a～d. 橫斷位；e. 冠狀位。雙肺實變較前次片稍有吸收
圖5
患者 2021 年 12 月 23 日復查胸部 CT 像
a～d. 橫斷位；e. 冠狀位。雙肺廣泛滲出、實變灶明顯吸收，少量心包積液、胸腔積液完全吸收
討論 社區獲得性肺炎（community-acquired pneumonia，CAP）是指醫院外罹患的感染性肺實質炎癥[1]。CAP 的病原學診斷和目標性抗感染治療是每一個臨床醫生的迫切愿望，尤其是對于重癥 CAP 患者，其起病急，進展快，病原體復雜，病死率高，危及患者生病。研究表明，ICU 中重癥 CAP 患者病死率為 23%～47%[2-5]。及時、精準、正確的抗感染治療，是成功救治重癥 CAP 的關鍵。但病原學的正確診斷無論在國內醫院，還是國外醫院均是難題。由于致病微生物種類繁多，且存在新發、未知、耐藥，加之標本送檢前經驗性抗菌藥物的濫用、送檢標本污染、個別細菌培養時間長與分離困難，及各級醫院微生物實驗室的配備不同等，導致病原學診斷更是難上加難。
mNGS 是無偏倚快速檢測病原菌核酸序列的新型分子診斷技術，無需培養基增菌，可同時檢測多達上萬種病原體，無需事先了解預期的病原體，能夠檢測大量微生物，擁有辨新、海量篩查的優勢。而且 mNGS 從取樣、核酸提取及建庫到測序、生信分析及報告，整個過程僅需 48 h，對于生長緩慢的細菌如諾卡菌、非結核分枝桿菌、結核或者苛氧菌、厭氧菌等均可有效檢出。mNGS 名聲大噪起于 2014 年報道的 1 例先后使用 38 項感染病原檢測項目，且使用 5 種抗菌藥物均無效果的不明原因的腦膜炎，后使用 mNGS 明確病原體為鉤端螺旋體，改用青霉素治療，患者即獲救[6]。2019 年 12 月以來，影響全世界的新型冠狀病毒肺炎亦是使用 mNGS 技術迅速從患者 BALF 中檢出新型冠狀病毒而確診[7-8]。鈕月英等[9]分析比較 56 例下呼吸道感染的患者，發現肺泡灌洗液 mNGS 檢測可顯著提高下呼吸道感染患者病原體檢出率（69.4% vs. 25%），特別是對病毒、真菌及特殊病原體，且不受性別、年齡、吸煙、臨床癥狀、宿主，及行 mNGS 前住院天數、使用激素、抗菌藥物和影像學改變、實驗室檢查的影響，在下呼吸道感染的診斷及治療中有很高的臨床應用價值。有研究亦研究發現 mNGS 相對于常規檢測手段，病原體陽性檢出率更高［82.14%（115/140）vs. 35.71%（50/140），P<0.05］，尤其是對于混合性肺部感染是一種很有價值的工具[10]。
本例重癥 CAP 患者感染的病原體為鸚鵡熱衣原體。鸚鵡熱衣原體首次分離發現自鸚鵡，故而得名[11]，臨床感染此菌比較少見。本病的診斷雖然可以依據患者病禽類接觸史，但其確診仍然依賴于實驗室檢查從呼吸道分泌物中分離出致病菌。但鸚鵡熱衣原體屬于衣原體屬中的一種，屬于專性細胞內致病原，其普通細菌培養檢出率低，必須采用細胞培養技術才能進行體外分離，細胞培養耗時，技術復雜，對實驗室生物安全等級要求高，無法常規開展，一般不建議用于臨床診斷[12-13]。血清特異性抗體檢測對于早期診斷價值低，一般只作為回顧性診斷[12-13]。本例患者常規送檢血清肺炎衣原體、支原體特異性抗體，以及痰、血、BALF 涂片加培養均未發現陽性結果。因此，鸚鵡熱衣原體肺炎的發病率可能因臨床表現非特異性和缺乏確證檢測方法而被低估，而 mNGS 的使用增加了診斷為鸚鵡熱衣原體肺炎的患者數量，是一種有效診斷鸚鵡熱衣原體肺炎的方法[14]。近年來，關于鸚鵡熱衣原體肺炎的個案報道[15-17]逐漸增多，其中不乏引起腦膜炎的患者[18-19]，均依賴于 mNG 確診而痊愈。對于重癥鸚鵡熱肺炎，9 例患者中的 8 例[20]、13 例患者中的 11 例[21]完全康復，也依賴于 mNGS 診斷鸚鵡熱肺炎的準確性，及 48～72 h 內可獲得結果，減少診斷延誤，即便是重癥鸚鵡熱肺炎對及時使用適當的抗菌藥物也反應良好，且縮短病程[22]。在 CAP 中，mNGS 檢出病原菌陽性率中包括細菌（55%）、真菌（18%）、特殊病原體（18%）和病毒（9%），最多的病原體是鸚鵡熱衣原體；且研究發現，在病原體陽性病例中，26%的病原菌并未被經驗性抗菌藥物所覆蓋，因此大部分患者需進行了抗菌藥物調整[23]。
本例患者入院時臨床即判定為重癥肺炎、合并呼吸衰竭、急性呼吸窘迫綜合征，病情危重，轉至 ICU。然而在到達 ICU 的初期，因病原學診斷不明確，病情危重，不得不經驗性選擇“廣覆蓋”的抗菌藥物方案。因此，在送檢傳統實驗室檢測的同時送檢了 BALF 的 mNGS 檢測，快速（入院第 4 天）的明確了感染病原體為鸚鵡熱衣原體，盡早的實現了目標性抗感染治療，停止“廣覆蓋”的抗菌藥物方案，調整為目標性的莫西沙星聯合米諾環素方案，促進抗菌藥物的合理使用，實現了感染性疾病的精準治療，患者臨床癥狀、氧合指數迅速改善，1 周內即成功脫機，成功救治了患者。綜上所述，mNGS 可明顯提高病原學診斷的陽性率，尤其是對于危急重癥肺部感染時，可盡早將 mNGS 與其他檢測同時送檢，將 mNGS 作為重癥肺炎病原體診斷的重要組成和補充，盡早獲取病原學診斷，早期實現精準治療，為挽救患者生命贏得先機。
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