發作是自身免疫性腦炎綜合征常見且突出的表現。致病性神經元自身抗體檢測的進展，使人們對癲癇發作的自身免疫性原因的認識得以提高。通過對發現這些自身抗體患者的臨床研究，加深了對這些疾病中的發作特征、治療和預后的了解。國際抗癲癇聯盟（ILAE）自身免疫和炎癥工作組對兩個診斷實體提出了概念性定義：（a）繼發于自身免疫性腦炎的急性癥狀性發作和（b）自身免疫相關癲癇，后者表明了發作的持久性傾向。在討論該類疾病的病理生理學、治療、預后和社會后果時，這樣的區別是有意義的。文章討論了生物標記物在應用這些概念性定義中的作用，并以工作組成員所治療的患者為例來加以說明。