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      2. 華西醫學期刊出版社
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        找到 作者 包含"王雁南" 1條結果
        • 下肢靜脈性潰瘍差異表達基因挖掘及目標基因篩選

          目的通過生物信息學方法挖掘下肢靜脈性潰瘍(VLU)的差異表達基因(DEGs),并進一步探究該疾病的分子機制、預測早期診斷標志物以及治療靶點。方法從基因表達綜合(GEO)數據庫中下載 VLU 表達譜芯片,使用 R 語言軟件分析 VLU 與正常皮膚愈合炎性期的 DEGs,對其進行基因本體論(GO)分析和 KEGG 通路富集分析并獲得通路關鍵基因;使用 STRING 數據庫和 Cytoscape 3.2.1 軟件進行蛋白-蛋白相互作用(PPI)網絡分析并獲得核心基因。結果獲得 DEGs 共 409 個,其中表達上調 173 個、表達下調 236 個。GO 分析結果顯示,表達上調的 DEGs 主要分布于含膠原的細胞外基質(ECM)、角質化包膜和膠原三聚體中,涉及皮膚發育、角質形成細胞分化、角質化等生物學過程,介導 ECM 結構成分、賦予抗張強度的 ECM 結構成分、整聯蛋白結合等分子功能;表達下調的 DEGs 主要涉及分布于三級顆粒、分泌性顆粒膜及三級顆粒膜中,涉及對趨化因子的反應、白細胞遷移、中性粒細胞趨化等生物學過程,介導趨化因子受體結合、趨化因子活性、細胞因子活性等分子功能。KEGG 通路富集分析結果顯示,表達上調的 DEGs 主要富集于 ECM-受體相互作用和蛋白質消化吸收通路,Ⅰ型膠原 α1 鏈(COL1A1)、Ⅰ型膠原 α2 鏈(COL1A2)和Ⅵ型膠原 α6 鏈(COL6A6)為通路關鍵基因;表達下調的 DEGs 主要富集于金黃色葡萄球菌感染、Toll 樣受體信號通路、白細胞跨內皮遷移等通路,白細胞介素(IL)-1β、CXCL8、IL-10、基質金屬蛋白酶(MMP)1 及 MMP9 為通路關鍵基因。PPI 網絡核心基因為甲酰肽受體(FPR)1、FPR2、IL-1β、IL-10 及 CXCL8。結論COL1A1、COL1A2、COL6A6、IL-1β、CXCL8、IL-10、MMP1 和 MMP9 及其參與的信號通路影響 VLU 愈合,核心基因 FPR1、FPR2、IL-1β、IL-10 和 CXCL8 可作為潛在治療靶點。

          發表時間:2021-04-30 10:45 導出 下載 收藏 掃碼
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