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      2. 華西醫學期刊出版社
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        找到 作者 包含"牟必琴" 1條結果
        • 基于生物信息數據探究VCAN在食管鱗狀細胞癌預后中的作用

          目的 利用生物信息數據探究多功能蛋白聚糖(versican,VCAN)在食管鱗狀細胞癌 (esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)預后中的作用。方法 從GEO數據庫中下載3個ESCC的RNA芯片數據集。基于這3個數據集的整合數據,鑒定差異表達基因(differentially expressed genes,DEGs)。基于DEGs結果進行下列分析:(1)用STRING數據庫構建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI) 網絡;(2)用分子復合體識別(molecular complex detection,MCODE)軟件分析PPI網絡中的模塊,選出最有意義的模塊,這些模塊中包括的基因即為hub基因;(3)用來自TCGA和GTEx數據庫的RNA高通量測序數據驗證這些hub基因的表達情況,驗證這些基因是否為DEGs;(4)通過驗證確定為DEGs的hub基因,進行生存曲線分析,篩選對ESCC生存期有顯著影響的基因;(5)用TIMER數據庫分析VCAN基因的表達量和腫瘤浸潤性免疫細胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的豐度以及這些細胞的基因標志物豐度的關系;(6)用Targetscan 和miRDB軟件預測能夠調控VCAN的miRNAs,然后用Cytoscape軟件構建調控網絡。結果 發現630個DEGs和32個hub基因,其中VCAN是一個上調差異表達基因,VCAN的高表達與更差的ESCC無病生存期顯著相關。且VCAN還能在ESCC的免疫微環境中發揮作用,主要表現為VCAN豐度和M2巨噬細胞基因標志物的豐度呈現顯著正相關,其中有些標志物已經被報道與ESCC的預后不良顯著有關。最后,我們還發現VCAN可以被ESCC中的15個miRNAs調控,其中有些miRNAs已經被報道與ESCC的預后有關。結論 本研究為VCAN在ESCC預后中的作用提供了直接和間接的綜合證據。直接證據是生存曲線顯示上調差異表達的VCAN與ESCC的預后不良顯著相關。間接證據是VCAN與ESCC免疫微環境中的有些預后不良標志物呈正相關,VCAN能夠被ESCC中與預后有關的有些miRNAs調控。

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