目的 研究非實時超聲支氣管鏡聯合病原宏基因組二代測序（Metagenomic Next-Generation Sequencing，mNGS）在局灶性肺部感染性疾病診斷中的應用。方法 前瞻性納入住院的局灶性肺部感染性疾病患者，隨機分為試驗組和對照組，試驗組采用非實時超聲支氣管鏡定位收集支氣管肺泡灌洗液（bronchial alveolar lavage fluid，BALF），對照組采用術前胸部CT定位采集BALF，兩組BALF均進行病原宏基因學檢測和傳統微生物檢測，包括傳統培養、半乳甘露聚糖試驗陽性率（真菌GM試驗）和結核分枝桿菌檢測及利福平耐藥試驗（Xpert MTB/RIF）。比較兩組不同檢測結果的陽性率、平均住院時間和平均住院費用。結果 試驗組和對照組相比，普通培養陽性率（39.58%比16.67%，P=0.013）和mNGS陽性率（89.58%比72.92%，P=0.036）均更高，差異有統計學意義。兩組Xpert MTB/RIF（4.17%比2.08%，P=1）和真菌GM試驗陽性率相似（6.25%比4.17%，P=0.765），差異無統計學意義。兩組患者綜合分析，mNGS與傳統微生物檢測方法相比，檢出細菌真菌的陽性率比普通培養更高（61.46%比28.13%，P<0.001）；檢出結核分枝桿菌的陽性率與Xpert MTB/RIF相似（8.33%比3.13%，P=0.21）；檢測曲霉菌陽性率與真菌GM試驗相似（7.29%比5.21%，P=0.77）。兩組患者傳統病原學檢測總陽性率為36.46%，mNGS結果陽性率為81.25%，mNGS的陽性率更高，差異有統計學意義（P<0.001）。對照組mNGS結果顯示35例患者為陽性，共檢測出13種病原體；試驗組mNGS結果顯示43例患者為陽性，共檢測出17種病原體。試驗組的平均住院時間更短［（12.92±3.54）d比（16.35±7.49）d］，平均住院費用更低［（12209.17±3956.17）元比（19044.10±17350.85）元］，差異有統計學意義（P<0.001）。結論非實時超聲支氣管鏡定位，可提高標本陽性率。與傳統微生物學檢測方法相比，mNGS的病原學檢出率更高。因此非實時超聲支氣管鏡聯合mNGS可提高局灶性肺部感染性疾病的診斷率，值得在臨床中推廣應用。