目的分析 2000～2019 年國家自然科學基金（國自然）對循證醫學相關項目的資助情況。方法計算機檢索國家自然基金數據庫、科學基金系統和丁香通、梅斯醫學等網站獲取國自然項目信息，同時檢索 CNKI、VIP、CBM、WanFang Data 和 Web of Science 獲取項目成果信息后，采用 Excel 2016 軟件對檢索結果進行統計分析。結果國自然從 2000 年開始資助循證醫學項目。20 年間國家自然科學基金資助各類循證醫學相關項目共 94 項，資助金額總計 4 476.3 萬元；北京、上海、廣東、四川等地區立項數、資助單位數及資助金額排名均靠前；面上項目和青年項目是國自然資助循證醫學項目的主體；中醫藥學研究新技術和新方法、衛生管理與政策、中西醫結合臨床基礎等學科分類的資助比例較大；面上項目的論文成果產出總量最多，但國家杰出青年科學基金的單位成果產出最高；中國循證醫學中心有 3 篇成果文獻發表在 BMJ 上并獲高被引。結論國家自然科學基金對循證醫學相關項目資助力度逐年增加，但對比自然基金平均項目相對較弱。同時資助地域、單位不均衡；研究方向及內容逐年變化，呈學科聚集趨勢。