目的在全面深化醫保支付方式改革背景下，分析政策干預和新冠疫情對中醫和西醫醫院同類疾病住院費用的影響，為促進醫院與醫保高質量協同發展、減輕患者經濟負擔提供證據。方法收集上海市某區全部23家公立醫院2014年1月至2020年12月間84個月0.99萬人次女性相關惡性腫瘤患者的病案數據。基于政策頒布和疫情出現兩個干預時點構建間斷時間序列模型，比較中醫和西醫醫院間同類疾病均次費用的變化趨勢和組間差異。結果西醫醫院女性相關惡性腫瘤的均次費用在政策干預后由上升轉為下降趨勢，受疫情影響均次費用再次上升；中醫醫院同類疾病均次費用相對呈上升趨勢，疫情影響下均次費用波動較大。結論政策干預對西醫醫院費用的控制效果較好，中醫醫院費用上漲明顯。新冠疫情對不同類型醫院同類疾病患者住院費用影響較大。未來亟需構建契合中醫發展和服務特點的支付模式，控制費用不合理增長；同時完善公立醫院配套補償措施和監管機制，以有效應對突發公共衛生事件對醫院合理運行和患者合法權益的威脅。