目的探討丙肝相關肝細胞癌（HCV-HCC）和乙肝相關肝細胞癌（HBV-HCC）的基因表達差異及其潛在的分子機制。方法從公共基因表達數據庫下載并整合 HCV-HCC 和 HBV-HCC 基因表達矩陣并使用 limma 包對 HCV-HCC 和 HBV-HCC 樣本的基因表達水平進行差異分析并確定差異表達基因（DEG）；通過基因集富集分析（GSEA）探討 HCV-HCC 和 HBV-HCC 間抑制或激活的基因集差異；使用 MCODE 篩選出得分最高的關鍵分子模塊及其內的關鍵基因；通過 clusterProfiler 包對關鍵基因的基因本體（GO）和京都基因與基因組百科全書（KEGG）通路富集分析以了解關鍵分子模塊潛在的生物學過程和分子通路；同時利用 Kaplan-Meier Plotter 數據庫評估關鍵基因對 HCC 患者總生存情況的影響。結果本研究中共獲得 HBV-HCC 樣本 119 例、HCV-HCC 樣本 163 例，共篩選出 199 個 DEGs。GSEA 結果顯示，與 HBV-HCC 相比，HCV-HCC 激活的基因集主要體現在炎癥、補體、基因響應干擾素上調、基因響應 KRAS 表達上調、核因子-κB-腫瘤壞死因子途徑調控的基因以及凋亡基因集，而細胞周期相關的基因集則明顯被抑制。共發現 8 個 DEGs 所富集的關鍵分子模塊，其包含 18 個關鍵基因（IFI27、DDX60、MX1、IRF9、OAS3、OAS1、RSAD2、GBP4、HERC6、ISG15、IFIT1、CMPK2、EPSTI1、IFI44、IFI44L、HERC5、IFITM1、CXCL10），這 18 個關鍵基因的 GO 分析顯示生物學過程主要集中在與病毒感染相關的機體反應中、細胞組分主要以宿主細胞為主、分子功能則主要是富集在生物學結合，而 KEGG 通路富集分析顯示其主要參與了病毒感染相關的分子信號通路。18 個關鍵基因中有 9 個（CXCL10、HERC6、DDX60、IFITM1、IFI27、GBP4、IFI44L、IFI44、MX1）與 HCC 患者總生存情況有關的基因且預后良好（HR<1，P<0.05），其他 9 個關鍵基因與 HCC 患者預后無關（P>0.05）。結論HBV-HCC 和 HCV-HCC 之間存在著本質的區別，HCV-HCC 的發生主要與病毒感染和病毒誘導機體產生的免疫反應密切相關，對于 HCV 感染時應積極地抗病毒治療，避免其轉為慢性病毒性感染，對于預防或阻斷其轉變為 HCC 十分必要。