隨著結核病防治研究的不斷深入, 人們發現細胞水平時代結核病流行病學的兩大問題———傳播途徑和傳染源, 是了解得不夠確切、不夠深刻的, 從傳染與發病的關系上鑒定外源性再感染, 用噬菌體分型毫無實際價值。而常規細菌培養法進行耐藥性監測作為流行病學調查方式之一, 只能了解其耐藥的表型狀況, 難以探討其內在機制。隨著分子生物學的飛速發展, 1980 年以后, 逐步建立了一些根據核酸序列進行菌株鑒定的高度特異的基因分型方法, 主要包括: 限制性片段長度多態性、DNA 指紋圖譜分析、脈沖場凝膠電泳、PCR酶切分型、隨機擴增多態性DNA、DNA 序列分析以及基因芯片技術等等。結合現代分子生物信息學技術, 使結核分枝桿菌的菌株分型進入了一個全新的領域———株水平的鑒定, 也進而使結核病分子流行病學的研究取得了很大的進展。許多研究者在結核病的流行病學研究中, 把群體研究與個體研究、宏觀研究與微觀研究結合起來, 研究結核分枝桿菌( Mycobacteriumtuberculosis,MTB) 的分子結構上的差異, 結合病例流行病學資料, 以闡明結核病的流行病學問題, 形成了結核病分子流行病學。分子分型技術是結核病分子流行病學研究的重要手段之一。對受感染個體的菌株進行分子分型在追蹤傳染源方面起重要作用。