目的 分析和探討高通量基因測序（metagenomics next-generation sequencing，mNGS）診斷鸚鵡熱衣原體肺炎病例的診治及臨床特點。方法 2021年2月—3月華中科技大學協和深圳醫院呼吸與危重癥醫學科及感染科連續收治5例診斷為鸚鵡熱衣原體肺炎的患者，對其臨床資料進行回顧性分析，總結mNGS的診斷價值及該病的臨床特點及診治要點。結果 5例患者以高熱、咳嗽為主要表現，4例有明確鸚鵡飼養史，白細胞、中性粒細胞正常或輕度升高，C反應蛋白、紅細胞沉降率升高，胸部CT表現為某一肺葉或多個肺葉實變和滲出，嚴重者進展快，出現呼吸衰竭，經驗性使用抗生素效果不佳。通過支氣管肺泡灌洗液mNGS檢出鸚鵡熱衣原體核酸序列，結合臨床特點明確診斷。支氣管肺泡灌洗液mNGS檢查病原體的準確率高，同時識別有無合并其他病原體的感染。更換為四環素類或喹諾酮類為主的治療方案后病情明顯好轉，提高鸚鵡熱衣原體肺炎的診斷率，縮短診斷時間和病程，減少不必要抗生素的使用。結論 mNGS對鸚鵡熱衣原體肺炎的診斷具有重要價值，能及時指導有效的抗生素治療。