本文提出一種結合多序列比較,基于堿基對思想將RNA序列進行預處理,并利用動態規劃法尋找特征值進行子序列劃分,運用最小自由能原理進行結構預測的新方法。本文從公共數據庫選取數據,對算法的準確性進行驗證,用堿基對距離、爬山距離及形態學距離對新方法運算結果實行評估,同時將評估結果與多種預測工具的預測效果相比較,分析新方法的優勢及改進方向。