中國科學技術信息研究所2012年公布的中國期刊引證報告中，《中國普外基礎與臨床雜志》的影響因子為 0.995，在61種外科類學術期刊中名列第4； 中國科學文獻計量評價研究中心2012年公布的中國學術期刊影響因子年報中，《中國普外基礎與臨床雜志》的綜合影響因子為0.830，在87種外科類學術期刊中名列第2。
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