引用本文： 黃暢宇, 胡瑞成, 張有志, 李圣青. 應用二代測序技術診斷肺結核病及肺非結核分枝桿菌病各一例并文獻復習. 中國呼吸與危重監護雜志, 2019, 18(1): 21-25. doi: 10.7507/1671-6205.201803032 復制
結核病是由結核分枝桿菌復合群感染引起的慢性傳染病。2012 年全球新發結核病患者約 860 萬例，死亡 130 萬例[1]。非結核分枝桿菌，也曾稱為非典型分枝桿菌，是指除結核分枝桿菌復合群和麻風分枝桿菌以外的分枝桿菌。我國歷次的全國結核病流行病學調查結果顯示非結核分枝桿菌的分離率持續增高。隨著結核病疫情逐步得到控制，非結核分枝桿菌感染在分枝桿菌疾病中所占的比例將逐步提高[2]。目前在結核病疫情較低的發達國家，非結核分枝桿菌的分離率已超過了結核分枝桿菌復合群[3-4]。對結核病及非結核分枝桿菌感染的有效防控有賴于對其耐藥機制、致病機制和傳播規律的深入研究。基因組是結核分枝桿菌及非結核分枝桿菌傳播、致病、耐藥和進化的遺傳基礎，是目前研究的熱點。一代測序方法成本高、效率低、錯誤較多，限制了結核分枝桿菌及非結核分枝桿菌全基因組水平研究的全面開展。近些年，基于二代測序（next-generation sequencing，NGS）技術發展的宏基因組學和 16S rRNA 高通量測序技術以及生物信息學的快速發展[5-6]，人們得以全面了解呼吸道微生物組組成。NGS 的發展為從全基因組水平認識結核病及非結核分枝桿菌感染提供了準確、高效的方法，開啟了從片面基因分型到全基因組研究的大門，為疾病的研究提供了新的角度和方法。目前，我國基因確診病例仍少見。本研究通過基因檢測確診結核分枝桿菌及非結核分枝桿菌引起的肺部感染各 1 例，并復習國內外相關文獻來證實基因檢測對該類病例診斷的重要性。
1 臨床資料
1.1 病例 1
患者男性，65 歲。因 “活動后氣促 5 年余，加重 3 個月 ”于 2017 年 8 月 17 日入住上海復旦大學附屬華山醫院呼吸內科。患者 5 年余前無明顯誘因出現活動后氣促，無夜間陣發性呼吸困難及端坐呼吸，無咯血、胸痛等，未系統診治，近 3 個月加重，自覺運動耐量下降，無咳嗽、咳痰、發熱等，曾在當地醫院就診并診斷為 “慢性支氣管炎 ”，查胸部 CT 發現肺部陰影（具體不詳），考慮感染，為進一步診治入院。既往有胃潰瘍并胃大部分切除術史，個人史及家族史無特殊。
查體：雙肺呼吸音稍低，未聞及干濕性啰音，余體征無明顯異常。實驗室檢查：血沉 44 mm/1 h；C 反應蛋白 24.7 mg/L；T-SPOT 陽性；血常規、腫瘤標志物、G 試驗、乳膠凝集試驗均未見異常。2017 年 8 月 18 日胸部 CT：兩肺塊狀、結節狀及條索狀高密度影，肺氣腫（圖 1）。支氣管鏡下各肺葉、段未見出血及新生物（未行活檢及刷檢）。支氣管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF）檢查：革蘭染色未發現可疑病原菌，未見真菌孢子；培養結果為正常菌群（++），無真菌生長。將 BALF 送華大基因研究院進行宏基因組高通量測序分析，檢測到部分革蘭陽性菌（G+）、革蘭陰性菌（G–）及結核分枝桿菌（表 1）。這與后期 BALF 抗酸染色涂片查見 1～8 條抗酸桿菌/300 個視野的結果一致。該患者確診肺結核，轉結核病醫院繼續治療。
表1
例 1 患者 BALF 樣本中檢出的微生物列表
圖1
例 1 患者胸部 CT 檢查像
雙肺上葉及左肺下葉塊狀、結節狀及條索狀高密度影，部分伴有空洞形成（黑箭），結核？肺氣腫；縱隔未見明顯腫大淋巴結
1.2 病例 2
患者男性，73 歲。因 “反復發熱伴納差 2 年 ”入住上海復旦大學附屬華山醫院呼吸內科。2 年前患者無明顯誘因出現發熱，午后低熱為主，測體溫多在 37.3～37.8 ℃ 之間，伴納差乏力，偶有咳嗽、咳白痰。曾于當地住院診斷可疑肺結核，間斷服用抗癆藥物（具體不詳），無好轉。2017 年 6 月 8 日復查胸部 CT 見兩肺病灶增多，再次就診于當地醫院，查 T-SPOT 陽性，予以 “頭孢西丁、利福噴丁、丙硫異煙胺、乙胺丁醇 ”治療，病情無明顯好轉。近 2 年體重下降約 10 kg。吸煙 20 余年，平均 20 支/d，已戒煙 10 余年。余既往史、家族史無特殊。
查體：體溫 37.6 ℃，右上肺呼吸音稍低，右下肺可聞及少許濕性啰音，余體征無明顯異常。實驗室檢查：血沉 67 mm/1 h；C 反應蛋白 57.6 mg/L；G 試驗 178.2 pg/ml；腫瘤標志物中 CA125（94.6 U/ml）與 CA199（41.8 U/ml）升高，余指標未見異常。血常規、乳膠凝集試驗、風濕免疫抗體均未見異常。痰革蘭染色：未發現可疑致病菌；痰培養（2 次）：正常菌群，無真菌生長；痰抗酸染色：抗酸桿菌（++）。2017 年 8 月 23 日胸部 CT：右上肺毀損，左上肺團片影，雙肺炎癥，雙肺散在肺大皰（圖 2）。支氣管鏡下見右主支氣管較多黃色膿性分泌物，于此處進行生理鹽水 100 ml 灌洗，雙肺各葉、段未見新生物（未行活檢及刷檢）。患者痰涂片找到抗酸桿菌，但前期常規抗結核治療效果欠佳，考慮耐藥結核或非結核分枝桿菌感染，予以收集 BALF 送華大基因研究院行宏基因組 NGS 檢查。檢測到部分 G+、G–及細胞內分枝桿菌（表 2）。該患者診斷為肺非結核分枝桿菌病，予以口服克拉霉素片 0.5 g Bid，乙胺丁醇片 0.75 g Qd，利奈唑胺片 600 mg Qd，靜滴阿米卡星 0.4 g Qd 治療 10+d 后，患者納差、乏力癥狀明顯改善，體溫正常，復查胸部 CT 示雙肺病灶較前吸收好轉，右下肺明顯（圖 2）。
表2
例 2 患者 BALF 樣本中檢出的微生物列表
圖2
例 2 患者胸部 CT 檢查像
a、b. 治療前，右上肺毀損，左上肺團片影，雙肺炎癥，雙肺散在肺大皰；c、d. 治療后，右下肺病灶明顯吸收好轉（黑箭）
2 文獻復習
以 “二代測序 ”或 “NGS ”和 “微生物 ”或 “感染 ”作為關鍵詞，通過萬方數據和中國知網數據庫對 2000 年 1 月至 2018 年 1 月的中文文獻進行檢索，以 “NGS, infectious diseases，China ”為關鍵詞，通過 PubMed 數據庫檢索 2018 年 1 月前的所有英文文獻。共檢索到中文文獻 221 篇，排除學位論文、會議論文和報紙，最終保留期刊中以 “感染性疾病及傳染病 ”和 “呼吸系統疾病 ”為學科分組的報道 10 篇，檢索到英文文獻 3 篇。
13 篇共報道 177 例經 NGS 檢測到的病原體（包括細菌、病毒、寄生蟲等），其中男 89 例，女 88 例，年齡 3～79 歲。其中潘陽等[7]選擇 2014～2016 年嚴重急性呼吸道感染病例分離 A（H3N2）亞型流感病毒毒株 32 株，提取病毒 RNA，用二代測序儀進行了病毒全基因組測序，并對毒株各個基因進行了分子進化分析和分子特征分析。孫晝等[8]利用基因測序的方式對杭州市首例本地感染登革熱病例開展調查及病原分子學溯源。金嘉琳等[9]回顧性研究復旦大學附屬華山醫院感染科 2007 年 1 月至 2017 年 8 月收治的 9 例馬爾尼菲青霉病病例，1 例通過皮膚活檢及 NGS 技術確診。Lasker[10]根據核苷酸序列測定馬爾尼菲青霉菌的分子流行病學分析。季曉偉等[11]選用 23 例感染丙型肝炎病毒（hepatitis C virus，HCV）患者，收集血樣標本，用 NGS 檢測多發性腺瘤樣息肉病的基因甲基化水平，來探討其與慢性 HCV 感染的關系。吳衍恒等[12]通過對 1 株人感染 H9N2 禽流感病毒進行高通量測序分析，來發現其在人群流行的可能性。孫英偉等[13]收集遼寧省丹東市 2015 年 8 月發生的 2 例間日瘧病例，針對間日瘧裂殖子表面蛋白基因進行套式 PCR 擴增并對產物測序分析，從而對間日瘧疫情調查處置進行描述和分析，指導繼續開展消除瘧疾工作。何片紅等[14]則利用基因測序的方法來研究解脲脲原體（ureaplasma urealyticum，Uu）編碼Ⅱ型拓撲異構酶的基因喹諾酮耐藥決定區（quinolone resistant-determining region，QRDR）突變與環丙沙星耐藥的關系，發現 QRDR 突變可導致 Uu 對環丙沙星產生耐藥，環丙沙星對 Uu 的首要靶酶是拓撲異構酶Ⅳ。楊柳等[15]應用熒光分型 PCR 法與 NGS 技術對 111 例新疆柯爾克孜族乙型肝炎患者的血清 DNA 進行乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）基因型分型檢測，同時以實時熒光定量 PCR 法對其 HBV DNA 載量進行定量檢測，并通過生物信息學手段將 HBV C 區的測序結果與 Gene Bank 中的 HBV 參考株進行核苷酸同源性比對，發現新疆地區柯爾克孜族群體 HBV 的基因型分布具有本民族的自身特點，其各基因型與 C 區變異的相關性也具有統討學意義。陳勁峰等[16]采用實時熒光聚合酶鏈反應測定甲型 H1N1 流感病毒核酸，確診中國首例甲型 H1N1 流感二代病例。朱小娟等[17]通過高通量測序技術確診腺病毒 55 型感染肺炎 1 例。Chen 等[18]綜述了利用 NGS 技術對新的冠狀病毒的鑒定，大大擴展了我們對病毒多樣性的理解。Yao 等[19]應用 NGS 法檢測臨床疑似李斯特菌性腦膜腦炎患者腦脊液中的單核細胞增生性李斯特菌，對 3 例腦脊液陰性的單核細胞增生性李斯特菌腦膜腦炎患者進行早期診斷。文獻中采用 NGS 檢測到的病原體分類、數量與來源見表 3。
表3
文獻中采用 NGS 檢測到的病原體分類、數量與來源
目前國內外尚無報道 NGS 技術在結核分枝桿菌及非結核分枝桿菌診斷或研究中的內容。但通過以上文獻可以發現 NGS 技術不但在明確病原體方面存在一定的優勢，它同時對于感染性疾病的流行病學調查、基因多態性的研究以及病原體耐藥性的研究有一定的價值。
3 討論
痰病原學檢查在結核病診斷方面一直處于重要地位。肺結核一般來說診斷不難，但有時臨床癥狀、肺部影像學表現不典型，痰結核菌檢查包括涂片及培養多次陰性者，即所謂 “涂陰 ”及 “菌陰 ”，肺結核則診斷困難，如本文中的例 1 患者，常需借助其他檢查進行綜合診斷。非結核分枝桿菌的細菌學特點與結核分枝桿菌類似，屬于需氧菌，細胞壁富含脂質使其具備抗酸染色的特點。非結核分枝桿菌可侵犯肺、淋巴結、皮膚和軟組織等，目前以肺多見。因結核病及非結核分枝桿菌病患者痰抗酸染色均可呈陽性，依靠痰抗酸染色陽性的結果無法鑒別結核分枝桿菌和非結核分枝桿菌。如本文中的例 2 患者，痰抗酸染色陽性，臨床表現亦支持肺結核，但常規抗結核效果欠佳，經 NGS 檢測 BALF 最終確診感染非結核分枝桿菌。
隨著分子生物學技術的迅猛發展，結核病診斷以及研究方法也取得顯著的進步，其中 NGS 技術對于明確是否存在分枝桿菌感染，以及何種分枝桿菌感染成為一個重要手段，同時也是研究的熱點。NGS 技術為高通量測序技術，具有檢測速度快、準確率高、成本低、覆蓋面廣以及產出巨大等特點[20]。細菌學與分子生物學結合的檢查技術是醫學上重要的進展之一，NGS 被認為有望改變臨床微生物學的認識，是一種研究感染性疾病流行病學的便捷高效的技術[21-22]。NGS 技術有望實現精準醫療的目的，如感染性疾病的早期診斷、控制傳播、精準治療、良好預后等。
結核病是由結核分枝桿菌復合群感染引起的慢性傳染病。2012 年全球新發結核病患者約 860 萬例，死亡 130 萬例[1]。非結核分枝桿菌，也曾稱為非典型分枝桿菌，是指除結核分枝桿菌復合群和麻風分枝桿菌以外的分枝桿菌。我國歷次的全國結核病流行病學調查結果顯示非結核分枝桿菌的分離率持續增高。隨著結核病疫情逐步得到控制，非結核分枝桿菌感染在分枝桿菌疾病中所占的比例將逐步提高[2]。目前在結核病疫情較低的發達國家，非結核分枝桿菌的分離率已超過了結核分枝桿菌復合群[3-4]。對結核病及非結核分枝桿菌感染的有效防控有賴于對其耐藥機制、致病機制和傳播規律的深入研究。基因組是結核分枝桿菌及非結核分枝桿菌傳播、致病、耐藥和進化的遺傳基礎，是目前研究的熱點。一代測序方法成本高、效率低、錯誤較多，限制了結核分枝桿菌及非結核分枝桿菌全基因組水平研究的全面開展。近些年，基于二代測序（next-generation sequencing，NGS）技術發展的宏基因組學和 16S rRNA 高通量測序技術以及生物信息學的快速發展[5-6]，人們得以全面了解呼吸道微生物組組成。NGS 的發展為從全基因組水平認識結核病及非結核分枝桿菌感染提供了準確、高效的方法，開啟了從片面基因分型到全基因組研究的大門，為疾病的研究提供了新的角度和方法。目前，我國基因確診病例仍少見。本研究通過基因檢測確診結核分枝桿菌及非結核分枝桿菌引起的肺部感染各 1 例，并復習國內外相關文獻來證實基因檢測對該類病例診斷的重要性。
1 臨床資料
1.1 病例 1
患者男性，65 歲。因 “活動后氣促 5 年余，加重 3 個月 ”于 2017 年 8 月 17 日入住上海復旦大學附屬華山醫院呼吸內科。患者 5 年余前無明顯誘因出現活動后氣促，無夜間陣發性呼吸困難及端坐呼吸，無咯血、胸痛等，未系統診治，近 3 個月加重，自覺運動耐量下降，無咳嗽、咳痰、發熱等，曾在當地醫院就診并診斷為 “慢性支氣管炎 ”，查胸部 CT 發現肺部陰影（具體不詳），考慮感染，為進一步診治入院。既往有胃潰瘍并胃大部分切除術史，個人史及家族史無特殊。
查體：雙肺呼吸音稍低，未聞及干濕性啰音，余體征無明顯異常。實驗室檢查：血沉 44 mm/1 h；C 反應蛋白 24.7 mg/L；T-SPOT 陽性；血常規、腫瘤標志物、G 試驗、乳膠凝集試驗均未見異常。2017 年 8 月 18 日胸部 CT：兩肺塊狀、結節狀及條索狀高密度影，肺氣腫（圖 1）。支氣管鏡下各肺葉、段未見出血及新生物（未行活檢及刷檢）。支氣管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF）檢查：革蘭染色未發現可疑病原菌，未見真菌孢子；培養結果為正常菌群（++），無真菌生長。將 BALF 送華大基因研究院進行宏基因組高通量測序分析，檢測到部分革蘭陽性菌（G+）、革蘭陰性菌（G–）及結核分枝桿菌（表 1）。這與后期 BALF 抗酸染色涂片查見 1～8 條抗酸桿菌/300 個視野的結果一致。該患者確診肺結核，轉結核病醫院繼續治療。
表1
例 1 患者 BALF 樣本中檢出的微生物列表
圖1
例 1 患者胸部 CT 檢查像
雙肺上葉及左肺下葉塊狀、結節狀及條索狀高密度影，部分伴有空洞形成（黑箭），結核？肺氣腫；縱隔未見明顯腫大淋巴結
1.2 病例 2
患者男性，73 歲。因 “反復發熱伴納差 2 年 ”入住上海復旦大學附屬華山醫院呼吸內科。2 年前患者無明顯誘因出現發熱，午后低熱為主，測體溫多在 37.3～37.8 ℃ 之間，伴納差乏力，偶有咳嗽、咳白痰。曾于當地住院診斷可疑肺結核，間斷服用抗癆藥物（具體不詳），無好轉。2017 年 6 月 8 日復查胸部 CT 見兩肺病灶增多，再次就診于當地醫院，查 T-SPOT 陽性，予以 “頭孢西丁、利福噴丁、丙硫異煙胺、乙胺丁醇 ”治療，病情無明顯好轉。近 2 年體重下降約 10 kg。吸煙 20 余年，平均 20 支/d，已戒煙 10 余年。余既往史、家族史無特殊。
查體：體溫 37.6 ℃，右上肺呼吸音稍低，右下肺可聞及少許濕性啰音，余體征無明顯異常。實驗室檢查：血沉 67 mm/1 h；C 反應蛋白 57.6 mg/L；G 試驗 178.2 pg/ml；腫瘤標志物中 CA125（94.6 U/ml）與 CA199（41.8 U/ml）升高，余指標未見異常。血常規、乳膠凝集試驗、風濕免疫抗體均未見異常。痰革蘭染色：未發現可疑致病菌；痰培養（2 次）：正常菌群，無真菌生長；痰抗酸染色：抗酸桿菌（++）。2017 年 8 月 23 日胸部 CT：右上肺毀損，左上肺團片影，雙肺炎癥，雙肺散在肺大皰（圖 2）。支氣管鏡下見右主支氣管較多黃色膿性分泌物，于此處進行生理鹽水 100 ml 灌洗，雙肺各葉、段未見新生物（未行活檢及刷檢）。患者痰涂片找到抗酸桿菌，但前期常規抗結核治療效果欠佳，考慮耐藥結核或非結核分枝桿菌感染，予以收集 BALF 送華大基因研究院行宏基因組 NGS 檢查。檢測到部分 G+、G–及細胞內分枝桿菌（表 2）。該患者診斷為肺非結核分枝桿菌病，予以口服克拉霉素片 0.5 g Bid，乙胺丁醇片 0.75 g Qd，利奈唑胺片 600 mg Qd，靜滴阿米卡星 0.4 g Qd 治療 10+d 后，患者納差、乏力癥狀明顯改善，體溫正常，復查胸部 CT 示雙肺病灶較前吸收好轉，右下肺明顯（圖 2）。
表2
例 2 患者 BALF 樣本中檢出的微生物列表
圖2
例 2 患者胸部 CT 檢查像
a、b. 治療前，右上肺毀損，左上肺團片影，雙肺炎癥，雙肺散在肺大皰；c、d. 治療后，右下肺病灶明顯吸收好轉（黑箭）
2 文獻復習
以 “二代測序 ”或 “NGS ”和 “微生物 ”或 “感染 ”作為關鍵詞，通過萬方數據和中國知網數據庫對 2000 年 1 月至 2018 年 1 月的中文文獻進行檢索，以 “NGS, infectious diseases，China ”為關鍵詞，通過 PubMed 數據庫檢索 2018 年 1 月前的所有英文文獻。共檢索到中文文獻 221 篇，排除學位論文、會議論文和報紙，最終保留期刊中以 “感染性疾病及傳染病 ”和 “呼吸系統疾病 ”為學科分組的報道 10 篇，檢索到英文文獻 3 篇。
13 篇共報道 177 例經 NGS 檢測到的病原體（包括細菌、病毒、寄生蟲等），其中男 89 例，女 88 例，年齡 3～79 歲。其中潘陽等[7]選擇 2014～2016 年嚴重急性呼吸道感染病例分離 A（H3N2）亞型流感病毒毒株 32 株，提取病毒 RNA，用二代測序儀進行了病毒全基因組測序，并對毒株各個基因進行了分子進化分析和分子特征分析。孫晝等[8]利用基因測序的方式對杭州市首例本地感染登革熱病例開展調查及病原分子學溯源。金嘉琳等[9]回顧性研究復旦大學附屬華山醫院感染科 2007 年 1 月至 2017 年 8 月收治的 9 例馬爾尼菲青霉病病例，1 例通過皮膚活檢及 NGS 技術確診。Lasker[10]根據核苷酸序列測定馬爾尼菲青霉菌的分子流行病學分析。季曉偉等[11]選用 23 例感染丙型肝炎病毒（hepatitis C virus，HCV）患者，收集血樣標本，用 NGS 檢測多發性腺瘤樣息肉病的基因甲基化水平，來探討其與慢性 HCV 感染的關系。吳衍恒等[12]通過對 1 株人感染 H9N2 禽流感病毒進行高通量測序分析，來發現其在人群流行的可能性。孫英偉等[13]收集遼寧省丹東市 2015 年 8 月發生的 2 例間日瘧病例，針對間日瘧裂殖子表面蛋白基因進行套式 PCR 擴增并對產物測序分析，從而對間日瘧疫情調查處置進行描述和分析，指導繼續開展消除瘧疾工作。何片紅等[14]則利用基因測序的方法來研究解脲脲原體（ureaplasma urealyticum，Uu）編碼Ⅱ型拓撲異構酶的基因喹諾酮耐藥決定區（quinolone resistant-determining region，QRDR）突變與環丙沙星耐藥的關系，發現 QRDR 突變可導致 Uu 對環丙沙星產生耐藥，環丙沙星對 Uu 的首要靶酶是拓撲異構酶Ⅳ。楊柳等[15]應用熒光分型 PCR 法與 NGS 技術對 111 例新疆柯爾克孜族乙型肝炎患者的血清 DNA 進行乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）基因型分型檢測，同時以實時熒光定量 PCR 法對其 HBV DNA 載量進行定量檢測，并通過生物信息學手段將 HBV C 區的測序結果與 Gene Bank 中的 HBV 參考株進行核苷酸同源性比對，發現新疆地區柯爾克孜族群體 HBV 的基因型分布具有本民族的自身特點，其各基因型與 C 區變異的相關性也具有統討學意義。陳勁峰等[16]采用實時熒光聚合酶鏈反應測定甲型 H1N1 流感病毒核酸，確診中國首例甲型 H1N1 流感二代病例。朱小娟等[17]通過高通量測序技術確診腺病毒 55 型感染肺炎 1 例。Chen 等[18]綜述了利用 NGS 技術對新的冠狀病毒的鑒定，大大擴展了我們對病毒多樣性的理解。Yao 等[19]應用 NGS 法檢測臨床疑似李斯特菌性腦膜腦炎患者腦脊液中的單核細胞增生性李斯特菌，對 3 例腦脊液陰性的單核細胞增生性李斯特菌腦膜腦炎患者進行早期診斷。文獻中采用 NGS 檢測到的病原體分類、數量與來源見表 3。
表3
文獻中采用 NGS 檢測到的病原體分類、數量與來源
目前國內外尚無報道 NGS 技術在結核分枝桿菌及非結核分枝桿菌診斷或研究中的內容。但通過以上文獻可以發現 NGS 技術不但在明確病原體方面存在一定的優勢，它同時對于感染性疾病的流行病學調查、基因多態性的研究以及病原體耐藥性的研究有一定的價值。
3 討論
痰病原學檢查在結核病診斷方面一直處于重要地位。肺結核一般來說診斷不難，但有時臨床癥狀、肺部影像學表現不典型，痰結核菌檢查包括涂片及培養多次陰性者，即所謂 “涂陰 ”及 “菌陰 ”，肺結核則診斷困難，如本文中的例 1 患者，常需借助其他檢查進行綜合診斷。非結核分枝桿菌的細菌學特點與結核分枝桿菌類似，屬于需氧菌，細胞壁富含脂質使其具備抗酸染色的特點。非結核分枝桿菌可侵犯肺、淋巴結、皮膚和軟組織等，目前以肺多見。因結核病及非結核分枝桿菌病患者痰抗酸染色均可呈陽性，依靠痰抗酸染色陽性的結果無法鑒別結核分枝桿菌和非結核分枝桿菌。如本文中的例 2 患者，痰抗酸染色陽性，臨床表現亦支持肺結核，但常規抗結核效果欠佳，經 NGS 檢測 BALF 最終確診感染非結核分枝桿菌。
隨著分子生物學技術的迅猛發展，結核病診斷以及研究方法也取得顯著的進步，其中 NGS 技術對于明確是否存在分枝桿菌感染，以及何種分枝桿菌感染成為一個重要手段，同時也是研究的熱點。NGS 技術為高通量測序技術，具有檢測速度快、準確率高、成本低、覆蓋面廣以及產出巨大等特點[20]。細菌學與分子生物學結合的檢查技術是醫學上重要的進展之一，NGS 被認為有望改變臨床微生物學的認識，是一種研究感染性疾病流行病學的便捷高效的技術[21-22]。NGS 技術有望實現精準醫療的目的，如感染性疾病的早期診斷、控制傳播、精準治療、良好預后等。
